Nature介紹2015值得關注的質譜技術：DIA策略

　　2014年末，《Nature Methods》雜志將年度技術授予了激光層照熒光顯微技術（Light-sheet fluorescence microscopy）。同時，雜志也介紹了2015年值得關注的技術，包括非編碼RNA、新一代CRISPR、DIA質譜以及微小晶體的結構等。

　　傳統的蛋白質組學采用數據依賴采集（DDA）策略，將蛋白質樣品消化成肽段，離子化并通過質譜進行分析。在全掃描質譜圖中，高于噪音的肽段信號被選擇性裂解，產生隨機（MS/MS）質譜，能夠與數據庫中的圖譜相匹配。盡管這種方法非常強大，但它隨機抽取肽段進行裂解，總是偏向于那些信號最強的峰。因此，低豐度肽段的定量仍是挑戰。

　　早在兩年前，《Nature Methods》就將年度技術頒給了靶向蛋白質組學（targeted proteomics）技術。在最成熟的定向分析技術——選擇反應監測（SRM）中，質譜儀能非常靈敏地檢測到特定肽段，具有高的定量準確性。然而，這種方法并不適合于發現型的應用。

　　因此，蛋白質組研究界如今將目光集中在數據非依賴采集（DIA）上，它在理論上綜合了DDA和SRM的優勢。在DIA分析中，指定質荷比（m/z）窗口內的所有肽段都經過裂解；分析重復，直至質譜儀覆蓋整個m/z范圍。這實現了準確的肽段定量，而不限于分析預先定義的肽段。

　　盡管DIA的概念早在十年前就被引入，但直到最近開發出一些實際的DIA應用，它才重新點燃了人們的興趣。蛋白質組學領域的許多科學家都看到了DIA的潛力，認為它有望解決DDA所面臨的問題，但其他人并沒有留下深刻的印象。《Nature Methods》的編輯Allison Doerr認為，也許DIA還需要進一步應用到更具挑戰性的生物問題，才能展示它的優勢。

　　一些DIA的策略已經被開發出，比如MS^E技術（由Waters公司開發）和SWATH?技術（由AB SCIEX公司與蘇黎世聯邦理工學院合作開發）。蘇黎世聯邦理工學院的Ruedi Aebersold博士認為，數據非依賴采集方法（DIA），如SWATH采集，使每次實驗分析中大量蛋白質/肽段定量分析的準確度和動態范圍都優于數據依賴采集（DDA）。

　　當然，DIA的廣泛采用還需要開發可靠的數據分析工具。m/z窗口內的多個肽段被裂解，故所產生的MS/MS圖譜是非常復雜的。2014年，人們已經開發出一些軟件工具（Nat. Biotechnol. 32, 219–223, 2014； Nat. Methods 11, 167–170, 2014）。至于DIA是否能實現它的潛能，讓我們拭目以待吧。