NatureMethods：極準確的新測序技術

　　傳統的高通量測序會產生不少錯誤，掩蓋基因組中的罕見突變。前不久科學家們開發了一種新測序法，能夠成功從背景噪音中分離出信號，實現極為準確的測序。

　　腫瘤是異質性細胞的混合體，測序可以檢測其中的罕見突變，但成本較高而且容易出現錯誤。華盛頓大學的研究團隊為此開發了新測序技術，將靶序列純化與高精度的DNA測序法結合起來。這一成果發表在近日的Nature Methods雜志上。

　　“這一技術可以幫助人們檢測那些能夠抵抗靶向性藥物的突變，更好的監控癌癥復發情況，”文章的資深作者，華盛頓大學的Lawrence Loeb說。“它可以與全基因組測序結合，為癌癥治療提供指導性的信息。”

　　這一測序技術主要是用生物素化的DNA寡核苷酸進行兩輪捕獲，然后進行雙重測序。雙重測序是Loeb等人之前開發的高精度測序技術，使用特殊的分子標簽分別擴增和測序DNA的兩條鏈。如果兩條鏈同一個位置上出現突變，該突變就被認為是真實的；如果只在一條鏈上出現突變，該突變就被認為是測序錯誤。

　　研究人員使用生物素化的探針，在人類基因組中捕獲ABL1基因的外顯子。ABL1基因與伊馬替尼（imatinib）抗性有關，伊馬替尼是一種治療慢性粒細胞白血病CML的藥物。他們通過兩輪捕獲得到了極高的測序深度和覆蓋度（與傳統方法相比）。

　　研究人員選擇的是一名在接受伊馬替尼治療后復發的CML患者。傳統高通量測序沒有檢測出任何與藥物抗性有關的突變，而他們的新技術鑒定到了E279K突變，已知這個突變能夠抵抗伊馬替尼。

　　對外顯子組或者基因組進行雙重測序的成本很高，但這種技術很適合測序較小的基因組區域，比如某個人類外顯子或者人類樣本中的病毒序列。

　　研究人員準備用這一技術在不同癌癥患者中研究他們對藥物的敏感性和疾病復發的風險。他們還將進一步優化這一技術，以便測序單個循環腫瘤細胞。“除了癌癥以外，這個技術還可以用于法醫檢測，”文章的第一作者，華盛頓大學的Michael Schmitt說。“這一技術可以幫助人們解決更多的生物學問題。”