NatureMethods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器

　　非編碼RNA（ncRNA）是指不編碼蛋白質的RNA。從上世紀六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不斷給人們制造驚喜。科學家們也逐漸意識到ncRNA并不是垃圾，而是許多基礎生命過程的核心，有著廣泛的生物學功能。

　　為了更好的研究ncRNA功能，哈佛大學的科學家們以CRISPR為基礎打造出了一個定向的RNA定位法，可以將大片段RNA帶到特定的DNA位點。這項研究發表在六月一日的Nature Methods雜志上，文章通訊作者是RNA領域的著名青年科學家John Rinn博士，他曾被評為2009年美國國內撼動科學界的青年英才。

　　人們普遍認為，真核生物的許多ncRNA參與了細胞核內的調控過程。不過，對這些ncRNA進行活體分析一直受到技術上的限制。舉例來說，敲入和敲除策略在通量上達不到高分辨率結構-功能分析的要求，而且難以分辨RNA轉錄本的單獨作用。重新安排ncRNA轉錄本的位置對功能分析是很有幫助的，在合成生物學中也很實用。

　　CRISPR-Cas9是細菌在漫長的進化史中演化出的重要防御機制。這個監控體系能夠根據引導RNA的指示，靶標并降解入侵者的遺傳物質。現在，CRISPR-Cas9已經成為了炙手可熱的研究工具，幫助世界各地的研究者們解決各種實際問題。

　　Rinn博士領導研究團隊基于CRISPR-Cas9系統建立了CRISPR-Display（CRISP-Disp）技術。該技術利用失去催化活性的dCas9，將整合在sgRNA中的大片段RNA帶到特定DNA位點，是研究RNA的一個強大工具。舉例來說，人們可以通過CRISP-Disp把功能性RNA和核糖核蛋白（RNP）復合體定位到特定的基因組位點。

　　研究顯示，引導RNA上的不同位置可以插入4.8 kb以上的功能性RNA結構域。人們可以在此基礎上構建帶有蛋白結合盒（protein-binding cassettes）、人造適體（aptamers）、隨機序列池和天然長非編碼RNA的Cas9復合體。

　　研究人員指出，在使用適當的表達系統和插入點時，CRISP-Disp對RNA的片段大小和序列組成似乎并沒有限制。值得注意的是，CRISP-Disp可以實現不同靶點和不同功能的多重化，只要你找得到可用的RNA模體。