A． 探針準備
DIG標記的RNA探針與DNA探針相比，顯示較強的雜交信號和較地的非特異性背景，因此，只要可能選用RNA探針可以比DNA探針獲得更好的雜交結果。如果必須使用DNA探針，建議使用高SDS雜交緩沖液或DIG Easy Hyb以減少背景。
在正式雜交試驗之前，優化雜交探針濃度是避免顏色背景所必須的。探針濃度的確定可通過模擬雜交進行。取一小片空白膜，將其浸入不同探針濃度的溶液中（如：1μl/ ml、3μl/ ml、5μl/ ml …），可觀察到背景顏色的濃度即可作為雜交探針濃度。在采用熒光檢測或采用CSPD化學發光檢測時，建議試驗探針濃度50－100ng/ml，如果采用CDP-Star化學發光檢測，由于靈敏度很高，在此探針濃度下會產生很高的背景，因此，要適當降低探針濃度。
B. 印跡條件
對于1%的變性瓊脂糖膠向尼龍膜上印跡轉膜，在10×和20×的SSC鹽濃度下可以獲得相同的結果，轉膜時間是在4℃或室溫下過夜。
C. 試劑及其配制
MOPS緩沖液（10×）: 200mmol/L MOPS ( pH 7.0 )
50mmol/L NaAc
10mmol/L EDTA
上樣染料：50%甘油，1mmol/L EDTA，0.4%溴酚藍，0.4%二甲苯藍
甲醛（37%溶液，13.3mol/L）
染液：0.5mol/L NaAc(pH 5.2)中含0.04%的亞甲藍
甲酰胺（去離子）
70%乙醇
SSC(20×)：3mol/L NaCl (175g/L)
0.3mol/L 檸檬酸三鈉?2H2O (88g/L)
用1mol/L HCl調整至pH 7.0
Denhardt溶液（100×)：10g Ficoll 400 + 10g PVP + 10g BSA(Penta x組分V)
用DSPC處理水溶解，定容至500ml，過濾后分裝成每份25ml
于-20℃保存。
預雜交溶液：5× SSC
5× Denhardt 溶液
50%(w/v) 甲酰胺
1%(w/v) SDS
100μg/ml 鮭魚精DNA（用前加熱變性后加入）
雜交溶液：DIG-RNA探針用預雜交液稀釋成適當濃度
2×洗膜緩沖液：2×SSC 加入0.1% SDS
0.5×洗膜緩沖液：0.5× SSC加入0.1% SDS
0.1×洗膜緩沖液：0.1× SSC加入0.1% SDS
D. Northern轉膜
轉膜前的RNA瓊脂糖凝膠電泳參照RNA分離中的電泳方法，根據需要選用適當的 分子量Marker.
1．在一個標準變性凝膠電泳完成后，凝膠用DMPC-H2O淋洗，以除去甲醛，然后置于 2×SSC（20×SSC用DMPC-H2O稀釋）中浸泡15～30min.。
2．構建轉移平臺：在塑料盒上橫放一塊玻璃板，玻璃板應比塑料盒長，但比塑料盒窄。剪一塊與盒子等寬但長度是盒子長度2倍的濾紙，將其橫放在玻璃板上，濾紙兩頭垂入盤中，用20×SSC浸濕濾紙，并向盤中加入足量的20×SSC。
3．用鋒利的小刀將凝膠邊緣無用部分修去，并在靠加樣孔的一放左上角切去一小塊作為凝膠方位的記號。將凝膠置于平臺中央，用玻棒滾動除去氣泡，然后用石蠟膜封住凝膠四周邊緣，避免覆蓋樣品部位。
4．剪一片與凝膠暴露面同樣大小的尼龍膜，在無RNase的水中浸泡5min.，然后將其放置在凝膠上面，膜的一條邊緣應剛好重疊覆蓋于加樣孔的邊緣。膜置于凝膠表面后即不應輕易挪動，膜與凝膠之間不應留有氣泡。
5．取兩張與尼龍膜同樣大小的濾紙，用20×SSC浸濕后置于膜的上方，用玻棒趕出氣泡。切一疊略小于濾紙的紙巾，將其置于濾紙上方，在紙巾上平放一玻璃板，然后在玻璃板上壓一重物，室溫下轉膜4～6小時或4℃過夜。
在轉膜過程中，要保證塑料盤中有足夠的20×SSC，當紙巾浸濕后，要及時更換。