Northern雜合反應的步驟主要包括：
（1） 加入核酸探針，使與固定于尼龍膜上的特定RNA 進行雜合反應；
（2） 待雜合反應結束后以含鹽緩沖液與SDS 洗掉非專一性結合于尼龍膜上的核酸探針。 進行反應時應注意下列幾個問題：
a. 實驗操作過程仍應盡可能避免RNase 的污染；
b. 反應前應先進行雜合前置反應（prehybridization），以便減少核酸探針與尼龍膜的間的非專一性結合反應；
c. 如果所使用的核酸探針是以random priming 或PCR 等方法所制備的雙股DNA 探針，使用前務必先加熱變性；
d. 選用適當的嚴苛度 （stringency） 進行雜合反應及后續的轉印膜漂洗工作，以便增強雜合反應訊息，并減少噪聲，這主要可以從溫度與鹽濃度兩個方面加以考量。
儀器用具：Crosslinker （Stratalinker 1800, Stratagene）；塑料盒；平端鑷子；封口機；42℃恒溫槽；60℃恒溫槽
藥品試劑：6×SSC （0.9 M NaCl, 90 mM sodium citrate）尼龍膜；Hybridization solution
[formamide, 50% （v/v）； 5×SSC; blocking reagent, 2%
（w/v）；N-lauroylsarcosine, 0.1% （w/v）； SDS, 0.02% （w/v）]3MM 濾紙；2×SSC,
0.1% SDS;0.1×SSC, 0.1% SDS
方法步驟：
1） RNA 轉印步驟結束后，移除電泳膠上的吸水紙與3M 濾紙。
2） 把尼龍膜連同電泳膠一齊移置于干凈衛生紙上，并請小心維持電泳膠與尼龍膜的相對位置。
3） 以防水筆在尼龍膜上標出電泳膠樣本孔的位置，并以剪刀剪掉尼龍膜左上角，以便標記電泳膠的左右方位。
4） 小心地拉開尼龍膜，將的放置于6×SSC （20 mL） 浸泡5 min.
5） 以平端鑷子夾起尼龍膜，待6×SSC 滴干的后，把尼龍膜平放于衛生紙上，風干至少30 min.與電泳膠接觸的那一面應朝上。
6） 以Stratalinker 1800 進行uv 連結反應。
7） 雜合前置反應：
a） 將10 mL 雜合溶液注入一個塑料袋。
b） 把已經風干的尼龍膜移置于塑料袋內，小心地把氣泡移除的后，以封口機密封好，再移至42℃恒溫槽進行雜合前置反應1~2 h.
8） 核酸探針變性反應：
a） 以微量移液器小心地把PCR 產物移至新的微量離心管。
b） 將裝著核酸探針的微量離心管放入沸水中加熱10 min.請記得以夾子固定微量離心管的蓋子，以免加熱時蓋子爆開。
c） 把離心管移入冰浴里靜置3 min.
d） 瞬間離心后，取出已被變性的核酸探針，加到5 mL 的雜合溶液。
9） 雜合反應：
a） 剪開塑料袋一角，倒出塑料袋內雜合前置反應所使用的溶液，并加入新配的含有核酸探針的雜合溶液 （8-d）。
b） 小心移除氣泡，并以封口機密封塑料袋。
c） 如前節所述將塑料袋移至42℃恒溫槽，雜合反應將進行過夜。
10） 以含鹽緩沖液與SDS漂洗轉印膜 （Northern blot）：
a） 拿出塑料袋，塑料方盒以清水沖洗干凈的后，裝入80 mL [2×SSC, 0.1%SDS]. 剪開塑料袋，把尼龍膜取出放進 [2×SSC, 0.1% SDS]，于室溫漂洗2 次，每次5 min.
b） 續以100 mL [0.1×SSC, 0.1% SDS] 于60℃洗2 次，每次15 min.溶液需先置于60℃恒溫水槽中預熱