第一，PCR緩沖液就是給PCR反應提供的一個最適酶催反應條件。第二，例如緩沖液中的鎂離子在酶催化過程中，結合到酶－底物結合體上，從而使催化反應的活化能更加降低。使得反應能夠進行。第三，PH緩沖液是保證PCR反應正常進行的關鍵條件之一。
