PCR儀熱蓋作用是防止蒸發的水汽在管蓋上凝結。反應液中的水份還是會有部分變成蒸汽在管中，只是不會凝結在管蓋上（如果沒有熱蓋也不加石蠟油，反應管中的水份會全都凝結在管蓋上的）。
PCR儀的熱蓋大致可以分為以下四種：非可調式熱蓋、可調節式熱蓋、自適應式熱蓋和自動式熱蓋。
1、非可調式熱蓋：即熱蓋并不能同時適用于高管和矮管，如AB的2720等只能用高管，用矮管得手工加鋁塊。
2、可調節式熱蓋：即熱蓋的高度可以手工調節，同時適用于各種高管和矮管，但壓力需要自己感覺，用力過小或過大都可能會有麻煩。
因為有這個問題，后來又出了力矩式可調熱蓋，即熱蓋旋轉到一定力矩后內置機構打滑，從而保證一定的熱蓋壓力。
3、自適應式熱蓋：即熱蓋自帶預壓緊的彈簧，通過與打開和關閉熱蓋的手柄機構相結合，達到壓手柄時自動壓緊熱蓋，開手柄時自動松開熱蓋，自適應高管和矮管，不用擔心壓力和沒有松開熱蓋等問題。
4、自動式熱蓋：即熱蓋是由電機來控制的壓緊與松開的。一般用于與實驗室自動化相配合的PCR儀，或稱為全自動PCR儀，但價格都較高。