PCR 擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶與非特異性擴增帶。可能出現的原因有以下幾點：
1)引物與靶序列不完全互補或引物聚合形成二聚體;
2)Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低及PCR循環次數過多有關;
3)其次是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增;
4 ) 其對策有：
必要時重新設計引物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸)。