PCR反應條件為溫度、時間和循環次數。
1. 溫度與時間的設置：基于PCR原理三步驟而設置變性-退火-延伸3個溫度點。在標準反應中，雙鏈DNA在90~95℃變性，再迅速冷卻至40~60℃，引物退火并結合到靶序列上，然后快速升溫至70~75℃，在 TaqDNA聚合酶的作用下，使引物鏈沿模板延伸。
2. PCR反應時間：變性時間一般2~3min，可以使模板DNA完全變性。復性時間一般為30~60s，足以使引物與模板之間完全結合。PCR延伸反應的時間可根據待擴增片段的長度而定，一般1kb以內的DNA片段，延伸時間1min是足夠的。
3. 循環次數：循環次數決定PCR擴增程度。PCR循環次數主要取決于模板DNA的濃度。一般的循環次數選在30-40次之間，循環次數越多，非特異性產物的量亦隨之增多