1、樣品池的清洗
先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除，一般5——10min即可。
2、熱蓋的清洗
對于熒光定量基因擴增儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
3、儀器外表面的清洗
清洗JS-G基因擴增儀的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果，選擇沒有腐蝕性的清洗劑對基因擴增儀的外表面進行清洗。
4、更換保險絲
先將基因擴增儀關機，拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。