（二）環境污染：在排除試劑污染的可能性外，更換試劑后，若不久又發現試劑被污染了，如果預防措施比較嚴密，則考慮可能為環境污染。
環境污染中常見的污染源主要有：
1. 模板提取時真空抽干裝置；
2. 凝膠電泳加樣器；
3. 電泳裝置；
4. 紫外分析儀；
5. 切膠用刀或手術刀片；
6. 離心機；
7. 冰箱門把手，冷凍架，門把手或實驗臺面等；此時可用擦拭實驗來查找可疑污染源。1）用無菌水浸泡過的滅菌棉簽擦拭可疑污染源；2）0.1ml 去離子水浸泡；3）取5ml 做PCR 實驗；4）電泳檢測結果。
8. 氣溶膠。如果經過上述追蹤實驗，仍不能查找到確切污染源，則污染可能是由空氣中PCR 產物的氣溶膠造成的，此時就應該更換實驗場所，若條件不允許，則重新設計新的引物（與原引物無相關性）。
三．污染處理
（一）環境污染
1. 稀酸處理法：對可疑器具用1mol/L 鹽酸擦拭或浸泡，使殘余DNA 脫嘌呤；
2. 紫外照射（UV）法：紫外波長（nm）一般選擇254/300nm，照射30min 即可。需要注意的是，選擇UV 作為消除殘留PCR
產物污染時，要考慮PCR 產物的長度與產物序列中堿基的分布，UV 照射僅對500bp 以上長片段有效，對短片段效果不大。UV
照射時，PCR產物中嘧啶堿基會形成二聚體，這些二聚體可使延伸終止，但并不是DNA 鏈中所有嘧啶均能形成二聚體，且UV
照射還可使二聚體斷裂。形成二聚體的程度取決于UV 波長，嘧啶二聚體的類型及與二聚體位點相鄰核苷酸的序列。在受照射的長DNA
鏈上，形成二聚體缺陷的數量少于0.065/堿基，其他非二聚體的光照損傷（如環丁烷型嘧啶復合體，胸腺嘧啶乙二醇，DNA 鏈間與鏈內的交聯和DNA
斷裂等）均可終止Taq DNA 聚合酶的延伸。這些位點的數量與二聚體位點相當。如果這些位點（ 0.13/堿基）在DNA
分子上隨機分布，一個500bp片段的DNA 分子鏈上將有32
處損傷位點，那么，105個這樣的分子中每個分子中會至少有一處損傷。相反，如果100bp 的片段，每條鏈上僅有6
處損傷，105個拷貝分子中將有許多分子沒有任何損傷。這就是UV 照射有一定的片段長度限制的原因。
（二）反應液污染
可采用下列方法之一處理：
1. DNase I 法：PCR 混合液（未加模板和Taq 聚合酶）加入0.5U DNase I，室溫反應30min 后加熱滅活，然后加入模板和Taq 聚合酶進行正常PCR 擴增。該方法的優點是不需要知道污染DNA 的序列；
2. 內切酶法：選擇識別4 個堿基的內切酶（如Msp I 和Taq I 等），可同時選擇幾種，以克服用一種酶只能識別特定序列的缺陷，室溫作用1h 后加熱滅活進行PCR；
3. 紫外照射法：未加模板和Taq 聚合酶的PCR 混合液進行紫外照射，注意事項與方法同上述UV 照射法；
4. g 射線輻射法：1.5kGy 的輻射可完全破壞0.1ng 基因組DNA，2.0 kGy 可破壞104 拷貝的質粒分子，4.0 kGy
仍不影響PCR，但高于此限度會使PCR 擴增效率下降。引物可受照射而不影響PCR，g 射線是通過水的離子化產生自由基來破壞DNA 的。
（三）尿嘧啶糖苷酶（UNG）法
由于UV 照射的去污染作用對500bp 以下的片段效果不好，而臨床用于檢測的PCR 擴增片段通常為300bp 左右，因此UNG 的預防作用日益受到重視和肯定。