PCR引物設計原則

實驗概要

PCR是目前研究DNA、RNA等核酸的非常有效和最主要的方法之一。本Protocol對于PCR引物設計中的一些基本原則給予闡述，希望能對廣大研究人員的研究工作帶來方便。

實驗步驟

首先引物與模板的序列要緊密互補，其次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配) ，再次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構。引物設計應注意如下要點：

1．引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp。

2．引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3’端相似性較高的序列，否則容易導致錯配。引物3’端出現3 個以上的連續堿基，如GGG 或CCC，也會使錯誤引發機率增加。

3．引物3’端的末位堿基對Taq 酶的DNA 合成效率有較大的影響。不同的末位堿基在錯配位置導致不同的擴增效率，末位堿基為A 的錯配效率明顯高于其他3個堿基，因此應當避免在引物的3’端使用堿基A。

4．引物序列的GC 含量一般為40-60%，過高或過低都不利于引發反應。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5．引物的另一個重要參數是熔解溫度（Tm）。這是當50％的引物和互補序列表現為雙鏈DNA分子時的溫度。合理的退火溫度從55℃到70℃。為獲得最佳結果，兩個引物應具有近似的Tm值。

6．引物二聚體或發夾結構也可能導致PCR 反應失敗。應該盡量避免。