凝膠電泳分瓊脂糖電泳和聚丙烯酰胺凝膠電泳兩種。
一、瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳是一種非常簡便、快速、最常用的分離純化和鑒定核酸的方法。瓊脂糖是從海藻中提取的一種線狀高聚物。根據瓊脂糖的溶解溫度，把瓊脂糖分為一般瓊脂糖和低熔點瓊脂糖。低熔點瓊脂糖熔點為62～65℃，溶解后在
37℃下維持液體狀態約數小時，主要用于DNA片段的回收，質粒與外源性DNA的快速連接等。
1、凝膠濃度
凝膠濃度的選擇依DNA分子的大小而定。
瓊脂糖凝膠的濃度與DNA分離范圍。
| 瓊脂糖濃度(%) | 線型DNA分子的分離范圍(Kb) |
| 0.3 | 5～60 |
| 0.6 | 1～20 |
| 0.7 | 0.8～10 |
| 0.9 | 0.5～7 |
| 1.2 | 0.9～6 |
| 1.5 | 0.2～3 |
| 12.0 | 0.1～2 |
2、電泳緩沖液
核酸電泳緩沖液有三種，即Tris-硼酸(TBE)、Tris-乙酸(TAE)和Tris-磷酸(TPE)。TBE
與TPE緩沖容量高，DNA分離效果好，但TPE在DNA片段回收時含磷酸鹽濃度高，容易使DNA沉淀。TAE緩沖容量低，但價格較便宜，因而推薦選用
TBE.緩沖液中的EDTA可螯合 二價陽離子，從而抑制DNA酶的活性，防止PCR擴增產物降解。
10XTBE緩沖液的配制：Tris鹼，108克 EDTA，9.3克 硼酸，55克 H2O至，1000ul (其PH應為8.0～8.2) 臨用時用水稀至0.5XTBE(20倍稀釋。
3、核酸電泳的指示劑與染色劑
1）指示劑：核酸電泳常用的指示劑有溴酚蘭和二甲苯青及銀染色。
溴酚蘭在堿性液體中呈紫蘭色，在0.6%、1%、1.4%和2%瓊脂糖凝膠電泳中，溴酚蘭的遷移率分別與1Kb、 0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的雙鏈線性DNA片段大致相同。
二甲苯青的水溶液呈蘭色，它在1%和1.4%瓊脂糖中電泳時，其遷移速率分別與2Kb和1.6Kb的雙鏈線性DNA大致相似。
指示劑一般與蔗糖、甘油或聚蔗糖400組成載樣緩沖液。載樣緩沖液的作用有①增加樣品密度，使其比重增加，以確保DNA均勻沉入加樣孔內。②在電泳中形成肉眼可見的指示帶，可預測核酸電泳的速度和位置。③使樣品呈色，使加樣操作更方便。