PCR儀器不是一種計量儀器，其主要作用原理與基本計量要素密切相關，要求較高，一旦失控，儀器將不能正常工作，所以PCR儀器也需要定期檢測和維護，這對依賴自然風降溫的PCR儀器尤為重要。
下面介紹一些PCR儀器具體的保養維護方法：
1．樣品池的清洗先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體；打開PCR儀，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除。一般5～10min即可。
2．熱蓋的清洗對于熒光定量PCR儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
3．儀器外表面的清洗清洗儀器的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果。選擇沒有腐蝕性的清洗劑對PCR儀的外表面進行清洗。
4．更換保險絲先將PCR儀關機，拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。
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