對分析來說,傳統分子技術所需的組織樣品用量相對較多。尤其是許多無脊椎動 物,它們對于進行分子檢測所用的一般操作方法來講太小。因此,對于小生物、共生 生物或那些在培養基中不易生長的生物個體的直接分析是困難。
聚合酶鏈反應有和來 擴大能進行分子檢測的生物范圍。現在可以直接研究象原生物和藻類等單細胞生物自 然種群的基因結構。
此方法在生物的分布及數量分析中會有廣泛的應用,尤其是用于 海洋環境中的生物。最后,聚合酶鏈反應的敏感性使其可以檢出及鑒定少量的單細胞 生物、共生生物及寄生生物,既使樣品是來自后二者宿主的DNA混合物中也可檢出。