可能的原因及對應的解決方案如下：
酶失活或在反應體系中未加入酶。Taq DNA 聚合酶因保存或運輸不當而失活，往往通過更換新酶或用另一來源的酶以獲得滿意的結果。
模板含有雜質。特別是對甲醛固定及石蠟包埋的組織常含甲酸，造成 DNA 脫嘌呤而影響 PCR 的結果。
變性溫度是否準確：PCR 儀指示溫度與實際溫度是否相符，過高酶在前幾個循環就迅速失活；過低則模板變性不徹底。
反應系統中污染了蛋白酶及核酸酶，應在未加 Taq 酶以前，將反應體系 95℃ 加熱 5~10 分鐘。
引物變質失效。人工合成的引物是否正確。是否純化，或因儲存條件不當而失活。
引物錯誤。利用 BLAST 檢查引物特異性或重新設計引物。
DNA 凝膠電泳時加入陽性對照，確保不是 DNA 凝膠和 PCR 程序的問題。