特異性熒光標記——探針法：
是目前臨床最常用的方法，在加入一對引物的同時再加入一對探針，特異性好，這里列舉的是TaqMan水解探針：一段與靶基因特異性結合的序列，分別在5’端加入熒光報告基團，3’端加入熒光淬滅基團。其核心是利用taq酶的5’-3’外切酶活性切斷探針，使得使熒光報告基團和熒光淬滅基團分離，從而使熒光監測系統可接收到熒光信號，每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物的形成完全同步，熒光強度就可代表模板數量。
非特異性熒光標記——染料法：
一般采用DNA染料SYBR? Green I，染料能夠與雙鏈結合，發出熒光，它自身也會發出微弱的熒光，應用體系內所有熒光的信號強度與DNA量成正比，所以它對模板沒有選擇性，且不需要設計復雜的探針，經濟實惠。但是也因此暴露缺陷，染料能與所有雙鏈DNA結合，導致非特異性擴增和引物二聚體也會被檢測出，并干擾結果。有缺陷就有補救的方法，溶解曲線的分析能幫助操作者判斷產物的特異性，溶解曲線是指隨溫度升高DNA的雙螺旋結構降解程度的曲線。單一峰的溶解曲線說明擴增特異性好，有雙峰代表出現了非特異擴增或引物二聚體。
報告熒光：6-FAM、JOE、VIC、NED、CY3、Texas RED、CY5
淬滅熒光：MGB-NFQ、TAMRA、BHQ
參比熒光：ROX