熱啟動PCR的方法是在反應溫度降至80oC時添加Taq DNA聚合酶，以保證高特異性PCR產物的合成。
1．如基本的PCR方法所述，添加所有的PCR反應的混合物，但不加Taq DNA 聚合酶。
2．將小管中的混合物混勻，并加入50 μl礦物油或硅化油覆蓋之。
3．蓋緊小管，短暫離心，以便于PCR混合物沉于管底。
4．小管在PCR儀中94oC溫育3分鐘，以使模板DNA完全變性。
5. 94oC溫育后，維持PCR反應在80oC。
6．每一PCR反應管添加0.5 μl (2.5 U)的 Taq DNA 聚合酶，注意應保證酶加入到油下面的PCR混合物中。
7．按照基本的PCR方法所述，繼續完成25-35個循環的變性、退火和延伸。