RT2ProfilerTM PCR芯片特點靈敏度 研究者總是希望能檢測到表達量相當低的基因，有時候，研究者得到的起始總RNA量也很少，但仍希望能進行實時定量PCR檢測。為了滿足研究者的這些需要，Superarray嚴格檢測了PCR芯片系統的靈敏度。例如，Superarray使用PCR芯片檢測了一系列總RNA樣本，這些樣本的濃度都不相同，使用的PCR芯片為炎癥細胞因子和受體基因芯片，通常，這些基因的表達量都是很低的。圖3將陽性信號的比例（Ct<35的基因所占百分比）與相應的總RNA量對應起來作圖。結果表明，當起始的總RNA范圍在5.0ng到1.0ug（甚至是5.0ug）時，每張PCR芯片的陽性信號比率均超過85%。對于表達量更高的基因，芯片檢測的靈敏度還會大大提高，即在起始RNA量更低的情況下，芯片能夠檢測到的陽性信號比例更高。值得注意的是，起始的總RNA量最好不要低于0.5-1.0ug，否則會造成陽性信號損失。由于陽性信號比例在起始RNA量低時會顯著下降，所以在實驗中，檢測的最低RNA量不少于5.0ng。 
圖3 當總RNA量低至5.0ng時，使用RT2ProfilerTM PCR芯片實驗體系仍能獲得很高的陽性信號比例。 RNA樣品為XpressRefTM人總RNA（GA-004），起始RNA量分別為0.1，1.0，5，10，50，100和1000ng）。芯片為炎癥細胞因子和受體PCR芯片（APHS-011A）。采用RT2 Real-TimeTM SYBR Green / 熒光素PCR反應體系（PA-011）。陽性信號的比例（Ct<35的基因所占的百分比）與對應的總RNA量做圖。
特異性 PCR芯片體系的設計和優化都是針對基于SYBR green的實時定量PCR反應。由于SYBR Green與非特異的雙鏈DNA也會發生反應，為了獲得高特異性，需要保證引物只擴增出特定的目的片段，從而使基于SYBR Green的PCR芯片能夠準確的檢測基因表達水平。Superarray通過實驗對設計合成的引物進行了驗證，保證引物擴增的產物是單一的，基因特異性的，沒有引物二聚體，也沒有非特異性擴增產物。 下面是一個檢測PCR芯片特異性的實驗。檢測PCR芯片中TGFβ和骨形成蛋白（BMP）家族各基因的熔解曲線，并且對PCR產物進行凝膠電泳實驗，該家族的基因同源性很高。圖4顯示了BMP基因家族各基因擴增產物的熔解曲線和電泳結果。如圖所示，各熔解曲線均為單峰，電泳條帶亦單一，并且條帶大小與預期值一致。結果表明， PCR 芯片擴增出基因產物特異性高，即使相同RNA樣品中同一基因家族的同源基因也可以區別。優化的體系在SYBR Green檢測中表現出高特異性，而這種特異性通常被認為只能在使用更加昂貴的基于探針的方法才能獲得。 
圖4 PCR芯片的高特異性 RT2ProfilerTM PCR芯片對所檢測的基因顯示出高特異性
RNA樣品為XpressRefTM人總RNA（GA-004，5ug），PCR芯片為人TGFb/BMP信號通路PCR 芯片（APH-035A），采用RT2 Real-TimeTM SYBR Green / 熒光素PCR反應體系（PA-011）。通過標準熔解反應步驟獲得熔解曲線（A），產物進一步通過瓊脂糖凝膠電泳檢測（B）。