PCRArray簡單實用的檢測基因表達的高通量方法（二）

PCR芯片的設計和所包含的基因 96孔模式的每種RT²Profiler PCR芯片，含有基因特異性引物，可用于研究84個與某種信號通路或者疾病相關的基因。此外，芯片中還有設置了3個檢測實驗質量的對照。圖2為PCR芯片模式圖。由于每種芯片都是根據特別的信號通路或者特定的應用范圍設計的，研究者可以用它來研究自己感興趣的一組基因，一個生物學通路或者某種疾病狀態。PCR芯片所研究的基因范圍相對集中，大大節省了在數據分析方面所花費的時間，相對更簡潔針對性更強的信息也有利于接下來的更深入更準確的研究。因此，研究者使用PCR芯片，可以在更短的時間內得到更豐富的信息。此外，Superarray將相關基因設計在同一張PCR芯片內，為實驗準備階段也提供了方便。  

圖二 PCR芯片示意圖 A1-G12孔包含了同一信號通路或者疾病的84個相關基因的引物（gene 1- gene 84）

H1-H5孔包含了5個看家基因（HK1-HK5），用于芯片數據的標準化。H6為基因組DNA參照（GDC），其中固定的引物能特異性的檢測非轉錄的基因組DNA重復片段，從而檢測樣品中是否存在DNA污染。H7到H9是三個重復的孔，均為反轉錄參照（RTC），用于檢測RT反應的效率。H10到H12是陽性PCR參照（PPC），反映了PCR反應的效率。這些孔中加入了人工合成的DNA序列和相應的引物對。兩組重復的對照RTC和PPC也可以用于檢測芯片間和芯片內的一致性。 
預設計的信號通路特異性PCR芯片 96孔模式的RT²Profiler PCR芯片根據SuperArray的Pathway-Centric ^TM原理設計，將現有的重要信號通路研究進展與PCR芯片方法結合，是檢測信號通路提供獨特的研究工具。在設計PCR芯片時，Superarray公司綜合了文獻資料，數據庫信息，專家意見和用戶反饋，不斷根據客戶需要開發新產品，并使芯片中所包含的基因更完整，更精確。在目前的市場中，SuperArray所提供的信號通路范圍最廣，并且有針對人，小鼠和大鼠的PCR   芯片產品（參見表1以及產品目錄）。在芯片設計中，還整合了預測資料和實驗結果，幫助研究者系統地有針對性的開展研究。這些預設計的PCR芯片，分類詳細，針對性強，使研究者無需自己一一挑選基因，節省大量時間和精力，實驗過程簡便快速，大大推進了生命科學研究進展。目前，預設計的PCR芯片涵蓋了細胞凋亡，炎癥反應，信號傳導，癌癥以及其他疾病等廣泛的生物學通路和疾病。詳細的芯片列表請登陸公司網站查詢。

表1 SuperArray 提供的PCR Array產品舉例   訂制的PCR芯片 如果現有的產品無法滿足研究者的特定需要，SuperArray還可以提供從設計到芯片生產的完整服務，為研究者提供使用先進的PCR芯片的便捷服務。客戶訂制芯片服務為研究者提供以下便利：1）在使用表達譜基因組芯片后，對從基因組水平篩選出來的一組基因進行驗證；2）在現有產品的基礎上作適當調整以適應特殊需要；3）完全從頭設計，適用于在現有的預設計PCR芯片中尚未包括的某個信號通路或者一組基因。若研究基因數目少于84個，還可以將96孔PCR芯片進一步分成更小的形式，從而可以在一次PCR反應中研究多個樣品。或者進行多次重復。 有了這些產品和服務，研究者在利用這項新技術時，可以專注于研究自己所感興趣的特定基因組合時，實驗中也更加省時省力。