一. 樣品的制備
1. 設計引物。用Oliga6.0對目的基因進行分析，設定引物，引物長度18-21個堿基，擴增片段以200-300bp最為合適。
2. PCR擴增并檢測。根據不同的引物挑選適合的退火溫度進行PCR擴增。擴增產物用2-2.5%的瓊脂糖膠跑水平電泳檢測，上樣量3-5ul。PCR產物為 10ng/nl左右為最佳。
3.
PCR產物與變性buffer混合。在干凈的PCR管底部加入5ulSSCP上樣緩沖液（變性緩沖液，同《分子克隆》中的測序緩沖液），然后在緩沖液中央加入PCR擴增產物。按照經驗，擴增效果在瓊脂糖膠上能看出比較亮的帶的樣品加1ul，效果很好加0.5ul，如果不太好就適當增加1.5、2或3不等，同時加大上樣緩沖液的量，比如加3ul的PCR產物，緩沖液加到8ul變性效果更好。
4. PCR產物變性。加好的樣品進行離心，使樣品集中在管底。PCR儀上95變性5-10分鐘，立即取出PCR產物連同架子一同置于冰上靜置5min，以免變性的產物復性。
*注：3和4步可以在制SSCP膠第四步后，等膠凝的過程中進行。
二. 制膠
1. 裝板。在所要進行實驗的每一副玻璃板（事先洗靜、風干）的兩邊及底部裝上墊片，盡量使底邊及側邊緊密接觸，夾子固定好，用0.8-1%的瓊脂糖封邊，確保接頭處都封上以免漏膠。
2. 配膠。根據不同長度的PCR片段配置適合濃度的膠。最適合的膠濃度是經過多次的摸條件得來的，根據經驗，不同長度的片段可能適合的膠濃度建議如附錄1。
3. 灌膠。配好膠后攪勻，灌入裝好的玻璃板中，注意不能產生氣泡，如果產生氣泡把板立起，輕輕敲打可使氣泡升出膠面，膠面與凹板上沿大約差0.5cm時插上梳子，要保證梳子齒和液面接觸處沒有氣泡，一旦產生要拔出重插。
4. 靜置。灌好的膠平放或與水平成一比較小的角度（100以下）靜置水平桌面上30min左右使之充分聚合。
*注：此時可以進行PCR樣品變性，即第一部分的3、4步。
三. 上樣
1.
安板。PAGE聚合好后要及時拔出梳子（時間耽擱長后會使梳子很難拔出），拔梳子時要用力均勻以保持膠孔的整齊。用夾子把膠板固定在電泳槽上，凹槽的一面朝里，安板時首先使板的底邊一端先接觸電泳液，再緩慢地過度到另一端，以免產生大氣泡（產生大氣泡會使電泳條帶彎曲）。
2. 預電泳。從底槽把一些電泳液1×TBE吸到上槽，使液面高出玻璃板矮邊1cm以上，并確保上槽不漏液。打開電源，大槽電壓調到140-150V，小槽 110-120V，預電泳10min左右。
3. 點樣。用微量進樣器把準備好的樣品按順序加到膠孔中。由于邊緣效應帶型不整齊，每塊板中最邊上的兩個孔最好不要點樣。
4. 電泳。大槽電壓140-150V，小槽110-120V，恒溫電泳10個小時以上。
四. 染色
1. 固定。把膠卸下，做好起始記號，放入70%乙醇中在搖床上固定15min。固定好后乙醇回收（可以重復使用5次左右），蒸餾水洗兩遍，每遍3min左右。若同時染兩塊膠固定和洗脫都要適當增加時間。
2. 染色。染色液（200ml染色液含3.6%的NaOH4.2ml、20%AgNO33.6ml、氨水2ml）染色30min，同時染兩塊膠要適當增加時間，需40min左右。倒掉染色液，洗3遍，每遍3min，同時染兩塊膠要適當增加時間。
3. 顯色。顯色液（200ml顯色也包含1%檸檬酸鈉1ml，甲醛100ul）至清晰。倒掉顯色液，加蒸餾洗脫3次停顯。
附錄
1. 不同長度的片段可能適合的膠濃度建議如下：
180-220bp左右 14%
250-280bp左右 13%
300-320bp左右 12%
360bp左右 10%
400bp以上 8%
2. 甘油濃度5%的幾種濃度大板膠（30ml）配方
3. 甘油濃度5%的幾種濃度小板膠（21ml）配方
4.10×TBE的配方：
108g Tris堿、55g硼酸、40ml 0.5mol/lEDTA（pH8.0）定容1L
5. 變性buffer的配方
98%去離子甲酰胺、10mmol/LEDTA（pH8.0）、0.025%二甲苯青FF、0.025%溴酚藍