QTL 定位就是采用類似單基因定位的方法將QTL 定位在遺傳圖譜上，確定QTL 與遺傳標記間的距離（以重組率表示）。根據標記數目的不同，可分為單標記、雙標記和多標記幾種方法。
根據統計分析方法的不同，可分為方差與均值分析法、回歸及相關分析法、矩估計及最大似然法等。根據標記區間數可分為零區間作圖、單區間作圖和多區間作圖。
此外，還有將不同方法結合起來的綜合分析方法，如QTL 復合區間作圖（CIM）多區間作圖（MIM）、多QTL 作圖、多性狀作圖（MTM）等。
