基于RFLP（限制性酶切片段多樣性） 和PCR技術發展起來的一種用來研究分類的技術.原理是：不同物種的DNA序列不同，那么用同種限制性內切酶酶切會得到不同的片段，這些不同的片段中，有很多長度也會有不同.通過同樣兩種限制性內切酶消化后，根據酶切位點序列設計互補序列并額外添加一段特異性序列，用T4連接酶補平，經過兩次PCR擴增（預擴增和二次擴增），產物用聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測，銀染色后用專門的分析軟件分析，根據條帶分布差異的程度來劃分物種間的親緣關系.
