RIP技術——研究腫瘤發生和轉移中microRNA失調的有力工具二

但是miRNA具有成百上千個靶標，所以要完全理解一個miRNA和靶標的特異性反應與腫瘤發生之間的聯系，是一項非常具有挑戰性的工作，尤其是在癌癥研究中鑒別出miRNA的準確靶點仍然是一大難題。現已知道miRNA的調節功能是通過結合不同的蛋白質或RNA來實現的，因此研究miRNA與蛋白的結合情況對于揭示miRNA的功能及指導RNA療法的研發具有重要意義。Robert Nakamura博士是Advanced Genetic Systems公司的首席執行官，作為驗證RNA-蛋白復合物作為治療靶點有效性的專家，他認為“我們知道RNA結合蛋白在不同的生理狀態下會結合不同的RNA。通過從細胞中分離完整的RNA-蛋白復合物，我們可以確認分子間的特異性相互作用，從而有希望為治療疾病找到破壞這些相互作用的方法。”

RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能幫助我們發現miRNA的調節靶點。RIP這種新興的技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀ChIP技術的類似應用，但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物，RIP實驗的優化條件與ChIP實驗不太相同（如復合物不需要固定，RIP反應體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶，抗體需經RIP實驗驗證等等）。RIP技術下游結合microarray技術被稱為RIP-Chip，幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

Millipore基于磁珠的RIP實驗流程:




RIP 實驗基本原理：

? 用抗體或表位標記物捕獲細胞核內或細胞質中內源性的RNA結合蛋白

? 防止非特異性的RNA的結合

? 免疫沉淀把RNA結合蛋白及其結合的RNA一起分離出來

? 結合的RNA序列通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或 高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定

延伸閱讀：   95%的人類基因組并不編碼基因，而是產生大量的非編碼RNA，真正編碼蛋白質的基因只占人類總基因組的約2%。這些非編碼RNA在生命的生長發育的各個階段都發揮著重要的調節作用，與艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多種病變密切相關，并且參與著干細胞和表觀遺傳學調控。而RNA-蛋白復合物驅動了幾乎所有細胞過程的基因表達的轉錄后調控，包括剪接（splicing）、出核轉運（nuclear export）、mRNA 穩定性以及蛋白轉譯過程，因此，對基因調控的了解就有賴于確定這些過程中RNA的結合的變化。因此，RNA研究也被越來越多的科學家重視起來，目前已經成為生命科學研究中一個炙手可熱的領域，而RIP技術也逐漸成為RNA研究領域的一項常規方法，幫助我們了解越來越受關注的轉錄后調控網絡。