RNA的瓊脂糖凝膠電泳實驗

RNA電泳可以在變性及非變性兩種條件下進行。非變性電泳使用1.0%~1.4%的凝膠，不同的RNA條帶也能分開，但無法判斷其分子量。只有在完全變性的條件下，RNA的泳動率才與分子量的對數呈線性關系。因此要測定RNA分子量時，一定要用變性凝膠。在需快速檢測所提總RNA樣品完整性時，配制普通的1%瓊脂糖凝膠即可。

RNA樣品溶液

瓊脂糖TAE電泳緩沖液溴化乙錠載樣緩沖液MOPS緩沖液

電泳儀電泳槽電子天平移液器槍頭微波爐紫外透射檢測儀封口膜

一、實驗材料、器具及藥品

蘑菇的總RNA溶液。 電泳儀，電泳槽，電子天平，移液器，槍頭，微波爐，紫外透射檢測儀等。 瓊脂糖，1XTAE電泳緩沖液，0.5 ug/ml溴化乙錠（EB）10X載樣緩沖液。

二、實驗步驟

1.  用1xTAE電泳緩沖液制作瓊脂糖凝膠，加1xTAE電泳緩沖液至液面覆蓋凝膠。

2.  在超凈工作臺上，用移液器吸取總RNA樣品4 ul于封口膜上。在實驗臺上再加入5 ul 1xTAE電泳緩沖液及1 ul 的10X載樣緩沖液，混勻后，小心加入點樣孔。

3.  打開電源開關，調節電壓至100 V，使RNA由負極向正極電泳，約30min后將凝膠放入EB染液中染色5 min，用清水稍微漂洗。在紫外透射檢測儀上觀察RNA電泳結果。

三、  RNA的變性瓊脂糖凝膠檢測

1.  試劑

（1）MOPS緩沖液（10*）:0.4 mol/L 嗎啉代丙烷磺酸（MOPS） (pH7.0)，0.1 mol/L NaAc，10 mol/L EDTA。

（2）上樣染料：50%甘油，1 mmol/L EDTA ，0.4%溴酚藍，0.4%二甲苯藍。

（3）甲醛。

（4）去離子甲酰胺。v電泳槽清洗：去污劑洗干凈（一般浸泡過夜）水沖洗-乙醇干燥-3%H₂O₂灌滿-室溫放置10分鐘-0.1%DEPC水沖洗。

2.  操作

（1） 將制膠用具用70%乙醇沖冼一遍，晾干備用。

（2） 配制瓊脂糖凝膠。

①稱取0.5 g瓊脂糖，置干凈的100 ml 錐形瓶中，加入40 ml蒸餾水，微波爐內加熱使瓊脂糖徹底溶化均勻。

②待膠涼至60--70 ℃，依次向其中加入9 ml 甲醛、5 ml 10X MOPS緩沖液和0.5 ul 溴化乙錠，混合均勻。

③灌制瓊脂糖凝膠。

（3） 樣品準備：

①  取 DEPC處理過的500 ul小離心管，依次加入如下試劑： 10x MOPS緩沖液2 ul，甲醛3.5 ul，甲酰胺（去離子）10 ul，RNA 樣品 4.5 ul，混勻。

②  將離心管置于60℃水浴中保10分鐘，再置冰上2分鐘。

③   向管中加入3 ul 上樣染料，混勻。

（4）上樣。

（5）電泳：電泳槽內加入1XMOPS緩沖液，于7.5 V/ml 的電壓下電泳。

（6）電泳結束后，在紫外燈下檢查結果。

RNA瓊脂糖凝膠電泳中務必去除RNASE酶的污染，所有的試劑需用DEPC水配制，所用的器材也要的DEPC處理并滅菌，防止RNA被降解。