RNA的甲醛變性電泳可以用于：（1）提取樣品的總RNA后，一般根據RNA的凝膠電泳圖來判斷RNA的質量；（2）由于RNA容易形成二級結構，因此常用甲醛變性膠來進行RNA電泳，得到的電泳圖能真實反映RNA的質量狀況。
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| 實驗方法原理 | 用溴化乙錠等熒光染料示蹤的核酸電泳結果可用于判定核酸的純度。由于DNA分子較RNA分子大許多，電泳遷移率低；而RNA中以rRNA最多，占到80%~85%，tRNA及核內小分子RNA占15%~20%，mRNA占1%~5%。故總RNA電泳后可呈現特征性的三條帶。在原核生物為明顯可見的23S、16S的rRNA條帶及由5S的rRNA及由5S、5.8S的rRNA和tRNA構成的條帶。mRNA因量少且分子大小不一，一般是看不見的。故可通過分析以溴化乙錠為示蹤染料的核酸凝膠電泳結果。 |
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| 實驗材料 | 植物總RNA |
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| 試劑、試劑盒 | 加樣運載緩沖液TAE Buffer甲醛凝膠電泳緩沖液甲醛甲酰胺 |
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| 儀器、耗材 | 電泳裝置外透射觀測儀 |
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| 實驗步驟 | 一、材料、試劑和儀器
1. 材料：植物總RNA 5-10 ug
2. 試劑
（1）加樣運載緩沖液（Loading buffer） 50% 甘油 1 mmol/L EDTA （pH8.0） 0.25%溴酚藍 25%二甲苯氰FF
（2）10xTAE Buffer
（3）5x甲醛凝膠電泳緩沖液： 0.1 mol/L MOPs （pH7.0） 40 mmol/L乙酸鈉 5 mmol/L DETA（pH8.0）
（4）甲醛，甲酰胺
3. 儀器：電泳裝置，紫外透射觀測儀
二、實驗程序
1. 甲醛變性的瓊脂糖（Agarose） 凝膠的配制
在250 mL的錐形瓶中準確稱量2 g Agarose （Sigama），再加20 mL 10xTAE Buffer，144 mLDEPC處理過的雙蒸水，微波爐中化膠，待冷卻至50-60℃加EB至終濃度≤0.5 ug/mL。在通風櫥中加入36 mL甲醛，放置一段時間以減少甲醛蒸汽。
2. RNA的甲醛變性電泳
（1） 樣品制備 RNA總量：10 ug 5×甲醛凝膠電泳緩沖液：4 ul 甲醛： 3.5 ul 甲酰胺：10 ul 加入無菌離心管中混合，95℃水浴變性2 min（或55℃，15 min），取出后放入冰中冷卻。
（2） 加入2 ul無菌的DEPC處理的加樣運載液。（使用加樣運載液的目的有三： 增大樣品密度，以確保DNA均勻進入樣品孔內；使樣品呈現顏色，便于加樣操作；能明確顯現樣品在電泳膠上的泳動位置。以 0.5 X TBE作電泳液時，溴苯酚在瓊脂糖中的泳動速率與長 300 bp 的雙鏈線狀DNA相同，而二甲苯氰FF 的泳動速率與長4 kb 的雙鏈線狀DNA相同。）
（3）將膠板浸沒在1x甲醛凝膠電泳緩沖液中，點樣前5 V/cm預跑5 min。點樣后3-4 V/cm電泳。
（4）電泳結束后（溴苯酚藍遷移到約8 cm處），紫外燈下觀察， 照相。 收起 |
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| 注意事項 | 每一泳道至多可分析30mg RNA，通常用10-20mg總RNA進行Northern雜交，可以檢測高豐度mRNA（占mRNA總量的0.1%以上）；如待測RNA含量極微，每個泳道加0.5-3.0mg poly(A) RNA。 |
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| 其他 | 每一泳道至多可分析30mg RNA，通常用10-20mg總RNA進行Northern雜交，可以檢測高豐度mRNA（占mRNA總量的0.1%以上）；如待測RNA含量極微，每個泳道加0.5-3.0mg poly(A) RNA。 |
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