材料:
(1)急性期病人血清、鼠肺、鼠血或分離的漢坦病毒
(2)引物:
引物 | 序列(5’~3’) | 位置 | 片段(bp) |
逆轉錄引物 | TAGTAGTAGACTCC | 1~14 | LMS |
通用外引物 | AAAGTAGGTGITAYATCYTIACAATGTGG | 1910~1939 | M(+) |
GTACAICCTGTRCCIACCCC | 2373~2354 | M(-) | |
型特異性引物 | |||
漢灘病毒 | GAATCGATACTGTGGGCTGCAAGTGC | 1958~1984 | M(+) |
GGATTAGAACCCCAGCTCGTCTC | 2318~2340 | M(-) | |
漢城病毒 | GTGGACTCTTCTTCTCATTATT | 1936~1957 | M(+) |
TGGGCAATCTGGGGGGTTGCATG | 2331~2353 | M(-) | |
S片段引物 | ATGTTGCCTGGGGIAAAGAGG | 1200~1220 | S(+) |
GCGCACTAGTAGTAGTAGACTCCCTAAAGA | 1670~1696 | S(-) |
方法:
1)病毒RNA的提取:采用TRIzol按說明提取,制備模板RNA;
(2)逆轉錄、合成cDNA:采用 SuperScripTMII或AMV逆轉錄酶,按說明書進行;
(3)PCR擴增:反應條件為95℃預變性10分鐘,94℃60秒、55℃60 秒、72℃45秒、擴增30~35個循環,72℃延伸12分鐘。
(4)擴增產物用1~2%瓊脂糖凝膠電泳鑒定。若條帶的分子量與預期片段大小相同,則表明為特異性擴增產物。
必要時,可進行:
(5)PCR片段的回收和核苷酸序列測定:切下特異分子量條帶,用QIAquick凝膠回收試劑盒回收(按其說明書進行),自動測序儀測序。
意義:擴增到特異性條帶可確診漢坦病毒并明確其型別,序列測定還可以對漢坦病毒的變異情況進行研究。