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  • 發布時間:2020-09-01 15:05 原文鏈接: RTPCR檢測漢坦病毒基因及分型

    材料:
    (1)急性期病人血清、鼠肺、鼠血或分離的漢坦病毒

    (2)引物:

    引物

    序列(5’~3’)

    位置

    片段(bp)

    逆轉錄引物

    TAGTAGTAGACTCC

    1~14

    LMS

    通用外引物

    AAAGTAGGTGITAYATCYTIACAATGTGG

    1910~1939

    M(+)


    GTACAICCTGTRCCIACCCC

    2373~2354

    M(-)

    型特異性引物




    漢灘病毒

    GAATCGATACTGTGGGCTGCAAGTGC

    1958~1984

    M(+)


    GGATTAGAACCCCAGCTCGTCTC

    2318~2340

    M(-)

    漢城病毒

    GTGGACTCTTCTTCTCATTATT

    1936~1957

    M(+)


    TGGGCAATCTGGGGGGTTGCATG

    2331~2353

    M(-)

    S片段引物

    ATGTTGCCTGGGGIAAAGAGG

    1200~1220

    S(+)


    GCGCACTAGTAGTAGTAGACTCCCTAAAGA

    1670~1696

    S(-)

     


    方法:

    1)病毒RNA的提取:采用TRIzol按說明提取,制備模板RNA;
    (2)逆轉錄、合成cDNA:采用 SuperScripTMII或AMV逆轉錄酶,按說明書進行;
    (3)PCR擴增:反應條件為95℃預變性10分鐘,94℃60秒、55℃60 秒、72℃45秒、擴增30~35個循環,72℃延伸12分鐘。
    (4)擴增產物用1~2%瓊脂糖凝膠電泳鑒定。若條帶的分子量與預期片段大小相同,則表明為特異性擴增產物。
    必要時,可進行:
    (5)PCR片段的回收和核苷酸序列測定:切下特異分子量條帶,用QIAquick凝膠回收試劑盒回收(按其說明書進行),自動測序儀測序。

    意義:擴增到特異性條帶可確診漢坦病毒并明確其型別,序列測定還可以對漢坦病毒的變異情況進行研究。


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