三種不同的核酸酶——S1核酸酶、RNA酶、外切核酸酶Ⅶ被用來進行RNA定量，確定內含子位置，以及用來鑒定在克隆的DNA模板上的mRNA 5′端和3′端的位置。
當檢測RNA被雜交到DNA模板上時，用核酸酶S1進行保護試驗的分析；
當檢測RNA被雜交到來自DNA模板的RNA上時用RNA酶。
外切核酸酶Ⅶ有更專一的用途——對短的內含子作圖并解決S1核酸酶保護試驗中出現的異常情況。
