1. 帶電顆粒的性質
凈電荷多少、顆粒大小及形狀。一般凈電荷多，直徑小而且近于球狀，則泳動速度快，反之則慢。
2. 電場強度（電位梯度）
指單位長度（cm）支持物體上的電位降，它對泳動度起著十分重要的作用。一般電場強度越高，帶電顆粒移動速度越快。根據電場強度可將電泳分為低壓（常壓）電泳100—500V，電場強度為2—10V/cm，分離時間需要數小時、數天或更長。高壓電泳500—1000V，電場強度20—200V/cm，電泳時間短。有時僅需幾分鐘，主要用于氨基酸、肽、核苷酸。由于電壓增高電流增大需要冷卻裝置。
3. 溶液的PH
溶液的pH值決定帶電顆粒的解離程度。也決定物質所帶凈電荷的多少。對氨基酸、蛋白質等兩性電解質而言，溶液PH值離等電點越遠，顆粒所帶凈電荷越多，電泳速度越快。反之越慢。血清中：白蛋白pI 4.0；α2球蛋白 pI 5.06；β球蛋白 pI 5.1；γ球蛋白 pI 7.1。在pH 8.6的緩沖液中電泳時，都帶負電荷，其泳動速度為：白蛋白>α2球蛋白>β球蛋白>γ球蛋白。為了利于分離蛋白質混合液，應選擇一種使各種蛋白質所帶電荷差異明顯的pH值。
4. 溶液的離子強度
在保持足夠緩沖能力的前提下，離子強度要求最小。溶液離子強度越高，帶電顆粒泳動速度越慢，反之越快。通常選擇在0.05—0.1 mol/L之間。緩沖溶液離子強度可通過下列公式計算：I=0.5ΣcZ2；I為溶液的離子強度；c為離子濃度；Z為離子價數。如:0.154 mol/L的NaCl溶液的離子強度。I=0.5（0.154﹒12+0.154﹒12）=0.154。
5. 電滲作用
在有支持物的電泳時影響電泳的另一個重要因素是電滲作用。電滲作用：在電場中，溶液對固體支持物的相對移動。電滲作用根據支持介質的不同而產生不同程度和不同方向的電滲流動。因此電滲作用與電泳速度關系密切。