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  • 發布時間:2014-04-08 14:17 原文鏈接: SMRT測序:評估基因編輯效果的新利器


      新興的CRISPR技術在短短一年多的時間內,掀起了基因組編輯的熱潮。然而,對這些基因改造手段的效率和結果,我們仍難以評估。目前的一些工具,如熒光報告基因、克隆分析,缺乏生成報告細胞系時所需的靈敏度。高通量測序方法雖能科服這一問題,但無奈讀長太短,而供體DNA模板往往很長。

      目前,還沒有一種測序平臺能同時評估非同源性末端接合(NHEJ)和同源介導修復(HDR)的發生頻率,而這正是雙鏈DNA斷裂的兩種主要修復機制。近日,單分子測序帶來了一個好消息,研究人員證實,單分子實時(SMRT)測序技術能夠同時測定任何位點的基因組編輯結果。這項研究成果發表在3月27日的Cell Reports上。

      研究由來自斯坦福大學的Matthew Porteus領導。研究人員在文中指出,這種方法可應用于各種基因組編輯平臺,包括TALEN、CRISPR/Cas9和鋅指核酸酶(ZFN),以確定理想的改造結果出現時的條件和策略。

      靶向基因組編輯,讓研究人員能夠在基因組中幾乎任何位點,引入精確的序列修飾。然而,研究人員指出,這些基因組修飾策略并不總是帶來理想結果。“精確的基因組修飾……取決于斷裂是由NHEJ修復的,還是有HDR修復的。如果斷裂由NHEJ修復,在斷裂位點可能會引入小的插入或缺失。不過,若由HDR修復,就能引入理想的序列變化,形成特定修飾。”

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