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  • 發布時間:2020-09-01 14:43 原文鏈接: SNP檢測技術(測序、taqman探針和snp芯片)

    snp現有檢測技術有主要的3大類別

    1、測序

    主要發現新的snp位點和比較集中的snp位點,如hla區域,但成本較高,工作量大,不適合大樣本做疾病關聯分析。

    2、taqman探針

    結果比較可靠,國外文章也大量應用,不過對于國內成本偏高,同類還有snpshot技術,abi和貝克曼都相應試劑盒。成本和成功率都比 taqman要低。

    3、snp芯片

    國外大規模篩查疾病關聯分析常用,illumina和affy都有不同密度的成熟產品,單位點成本很低,但點較多,樣本多時也會很高花費,但結果準確,適合復雜疾病,有實力的項目組一般大型機器點在384-群基因組可以訂制,但成本會高;illumina開發了一臺小的芯片,極其適合1-384,可以訂制,成本在2-5元/人點,但還沒有很成熟的流程,具體效果和成功率要進一步看。

    剩下的就是傳統方法如酶切,pcr-sscp等,也有雜志接受,但一般需要測序驗證。缺點是工作量太大,結果不準確,不是所有位點都可以做,但成本很低。

    突變數據庫

    Human Gene Mutation Database (HGMD)

    http://www.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

    The Genome Database (GD)

    http://www.gdb.org

    SNP數據庫

    Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP)

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

    Human Genome Variation Database (HGVbase)

    http://hgvbase.cgb.ki.se/

    The Snp Consortium, LTD.(TSC)

    http://snp.cshl.org/

    www.hapmap.org


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