SSCP原理：sscp稱為單鏈構象多態性，它是基于DNA構象來檢測PCR產物單鏈堿基微小差異的方法，因其檢測敏感，快速和所需裝置簡便而在分子生物學各個領域廣泛應用。但該方法的試驗結果受多種因素的影響，如：PCR產物，溫度，電壓，PAGE膠的濃度和交聯度等，因而重復性比較差。因此在做SSCP時要注意各種條件的一致性。如果有酶切位點的話最好用RFLP方法檢測DNA 多態，或是用SSCP與RFLP兩種方法相結合，試驗結果要更加可靠些。
SSCP的主要試驗步驟：
1. PCR擴增目的基因片段。
2. 制備PAGE（聚丙烯酰胺）膠。不同長度的基因片段用不同濃度和交聯度的膠，常用 的有19：1，29：1，39：1（丙烯酰胺：甲叉），濃度有8％，10％，12％的。
3. PAGE膠的灌制。將配好的PAGE膠混勻，立即灌至干凈的玻璃板中，插上梳子于室溫聚合1－2小時。
4. PCR產物的變性及電泳。取1－2ulPCR產物加5ul變性緩沖液，95度水浴或放置PCR儀上變性10分鐘，立即拿出冰浴，迅速上樣于非變性的PAGE膠，以1×TBE作緩沖液，在一定溫度下電泳。根據待測片段的長度調整電壓和電泳時間。
5. PAGE膠的染色。一般采用銀染的方法，具體方法很多，查查作這方面的文章就知道了。基本上包括染色，顯色，停顯及觀察結果（判型）幾個步驟。
其中比較重要的是PAGE膠的交聯度和濃度的選擇，這要通過反復的試驗進行比較，從而選擇最佳條件。另外溫度也要控制好，有的說要最好在4度冰箱中跑電泳，但我們實驗室的基本都是在室溫條件下跑電泳，結果也還可以。
一些參考數據
1、電泳電壓和溫度的影響:為了使單鏈DNA保持一定的穩定立體構象，SSCP應在較低溫 度下進行(一般4℃-15℃之間).在電泳過程中除環境溫度外，電壓過高也是引起溫度升高的主要原因，因此，在沒有冷卻裝置的電泳槽上進行SSCP時，開始的5min應用較高的電壓(250V)，以后用100V左右電壓進行電泳.這主要是由于開始的高電壓可以使不同立體構象的單鏈DNA初步分離，而凝膠的溫度不會升高.隨后的低電壓電泳可以使之進一步分離.在實驗中應根據具體實驗條件確定電泳電壓.
2、靶DNA序列長度的影響在實驗中發現SSCP對短鏈DNA或RNA的點突變檢出率要比長鏈的高，這可能是由于長鏈DNA和RNA分子中單個堿基的改變在維持立體構象中起的作用較小的緣故.而有人認為在DNA鏈較短的(400bp以下)情況下DNA的長度不會影響SSCP 的效果.他們仔細選擇了實驗條件，發現354bp的DNA中點突變的檢出率仍可達到90%以上。
因為目的片段越長其單鏈的泳動速度越慢，大于400bp的目的片斷不但檢出率低而且泳動速度極慢，所以建議樓主不要做sscp為好。
我們實驗室的步驟如下（在以上主要試驗步驟做修改）：
pcr產物好了后，按1：1各10ul得產物和變性上樣液，在pcr儀上95度變性5分鐘，要立即驟冷（準備好的冰浴）10分鐘，加樣。恒功率20W，我們的槽子是25cm的伯樂！一般200bp，恒溫7度，5各小時就好了。(注意pcr產物一定要好，和maker中最亮的一樣！）
我們試驗室做SNP用的是如下儀器：
1。PTC-200的PCR儀（擴增、變性都用他）
2。水平電泳槽（鑒定PCR產物）
3。BIO-RAD universal mutation detection system 垂直電泳槽（變性后的產物檢測）
4。恒溫水域器（保持電泳的溫度在4－6度）
5。凝膠成像系統（GENE公司)
以上就是我們試驗的做SNP的儀器，別的小的儀器就不一一說明了。
說明一下優缺點：
1。變性，我們是95度10分鐘，和做PCR擴增一樣。用PCR儀可以保證溫度、時間的準確。如果用水域鍋，就要防止體系的揮發和變性溫度的準確。
2。做SNP一定要保證PCR產物的濃度好，所以當然用瓊脂糖鑒定了。如果濃度夠，在變性鑒定時，單鏈濃度就更小，將導致無法鑒定！
3。恒溫，做SNP要保持電泳槽恒溫，一般在4－6度。如果溫度高，對鑒定有影響。如溫度高，條帶跑的快，無法達到預期的單鏈和雙鏈分開！
這里在強調一下，如果有雙鏈無單鏈的情況下變性后的PCR產物一定要保證驟冷，防止復性，增加單鏈的濃度！以上是我做SNP的經驗，請大家指正！