相關知識
SSR簡介
所有真核生物基因組中都有一類叫微衛星（microsatellite）或簡單序列重復（simple sequence
repeats）的序列，它是由2-5個核苷酸首尾相連重復多次構成的一段DNA序列，具有很強的保守性。可以根據這段序列兩邊的序列設計引物，用PCR方法擴增出中間的SSR序列。
在設計引物的時候，遵循的原則與一般PCR引物的設計相同，每條引物一般為18-24個核苷酸，（G+C）%含量接近50 %（Tm為55℃左右），避免引物內二級結構的產生及某個核苷酸的連續出現，3'末端最好富含GA，PCR擴增產物在100-300 bp之間。
由于SSR擴增為特異性擴增，相對來說，重現性和穩定性都較好，但由于每對引物（G+C）含量不同，擴增產物長度不同，所以有必要給每對引物一個合適的擴增條件，這一般可通過改變反應液中Mg2+的濃度、反應的退火溫度、延伸時間和循環指數來獲得清晰且重復性好的條帶。SSR擴增片段小（一般在300
bp以下，不同材料間差異小（一般為幾個bp），故通常使用聚丙烯酰胺電泳。
由于簡單序列的重復次數在同一物種的不同基因型間差異很大，因此SSR是一種多態性很高的分子標記。
聚丙烯酰胺凝膠電泳
丙烯酰胺是一個單體，其結構為：
通常由過硫酸胺提供并可被TEMED（N, N, N',
N'-四甲基乙二胺）所穩定的自由基可以引發一個鏈式反應，使丙烯酰胺單體合成長鏈。雙功能基團N,
N'-亞甲雙丙烯酰胺參與聚合反應時，鏈與鏈之間交聯成凝膠。其孔徑由鏈長和交聯度所決定。鏈長由聚合反應中丙烯酰胺的濃度（3.5-20%）所決定：每29個丙烯酰胺單體可形成1分子的交聯體。
聚丙烯酰胺凝膠的制備和電泳都比瓊脂糖凝膠費事。聚丙烯酰胺凝膠幾乎總是鋪于兩塊玻璃板之間，兩塊玻璃板由間隔片隔開并封以絕緣物，在這種配置形式下，大多數丙烯酰胺溶液不會與空氣接觸，所以氧對聚合的抑制僅限于凝膠頂部的一個窄層里。聚丙烯酰胺凝膠一律是進行垂直電泳，根據分離的需要，其長度可以在10-100cm之間。聚丙烯酰胺凝膠與瓊脂糖凝膠相比有3個主要優點：1）分辨率很強，長度僅僅相差0.2%（即500bp中的1bp）的DNA分子即可分開；2）所能裝載的DNA量遠遠大于瓊脂糖凝膠：多達10μg的DNA可以加樣聚丙烯酰胺凝膠的一個標準樣品槽而不致顯著影響分辨力；3)從聚丙烯酰胺凝膠中回收的DNA純度很高，可適用于要求最高的實驗。
主要試劑
1、SSR引物（從公司購得）
2、10×PCR Buffer、25 mM MgCl2、2.5 mM dNTP、Taq DNA聚合酶（5U/μL）、dd H2O
Taq DNA聚合酶購自TaKaRa，其余試劑附送。
3、40%丙烯酰胺（100mL）： 38g丙烯酰胺
2g N, N'-亞甲雙丙烯酰胺
加dd.H2O定容，37℃攪拌溶解，室溫避光保存。
4、過硫酸胺10% (10mL)： 1g過硫酸胺溶于10 mLdd.H2O中，4℃保存。
5、5×TBE（1000mL）： 54g Tris堿，27.5g硼酸，20mL 0.5mol/L EDTA (pH8.0)
6、6×上樣緩沖液（100mL）： 2.5g溴酚藍
2.5g二甲苯青FF
40g蔗糖
加dd.H2O定容，37℃攪拌溶解。4℃保存。
7、瓊脂糖
8、EB染色液
實驗步驟
一、SSR擴增
1、模板稀釋
取2μL定好量的DNA原液，加入38 μL dd H2O，輕輕吸打混勻。