• <table id="4yyaw"><kbd id="4yyaw"></kbd></table>
  • <td id="4yyaw"></td>
  • 發布時間:2019-03-26 20:09 原文鏈接: SSR標記實驗步驟

    SSR簡單序列重復標記可以用于:用微衛星區域特定順序設計成對引物,通過PCR技術,經聚丙烯酰胺凝膠電泳,即可顯示SSR位點在不同個體間的多態性。

    實驗方法原理與其它分子標記相比,SSR標記具有以下優點:(1)數量豐富,覆蓋整個基因組,揭示的多態性高;(2)具有多等位基因的特性,提供的信息量高;(3)以 孟德爾方式遺傳,呈共顯性;(4)每個位點由設計的引物順序決定,便于不同的實驗室相互交流合作開發引物。因而目前該技術已廣泛用于遺傳圖譜的構建〔11,12,18,19,33〕、目標基因的標定〔8,9,21,22,26〕、指紋圖〔22〕的繪制等研究中。但應看到,SSR標記的建立首先要對微衛星側翼序列進行克隆、測序、人工設計合成引物以及標記的定位、作圖等基礎性研究,因而其開發費用相當高,各個實驗室必須進行合作才能開發更多的標記。由于SSR標記具有較大的應用價值,且種屬特異性較強,目前在一些主要的農作物中SSR標記研究都進行了合作,共同進行STMS引物的開發。 
    實驗材料

    植物葉片樣品

    試劑、試劑盒

    液氮CTAB氯仿異戊醇異丙醇TE無水乙醇

    儀器、耗材

    離心管冰箱水浴鍋離心機

    實驗步驟

    取葉片→磨樣→提取DNA→PCR擴增→電泳檢測→染色→讀帶標記。


    1、DNA提取


    按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法(`Cetyl triethyl ammonium bromide)并略加改進的程序進行,具體步驟如下:


    ①  成熟期取葉片加液氮研磨成粉末狀,轉入1.5ml離心管中,-20℃冰箱保存;


    ②  加入600μl 65℃的2×CTAB混勻并置于65℃水浴中保溫30-60分鐘;


    ③  取出,冷卻,上下搖勻后,加入600微升24:1的氯仿異戊醇;


    ④  12000轉/分鐘離心10分鐘,取上清液于另一個1.5ml的離心管中;


    ⑤  加異丙醇,12000轉/分鐘離心10分鐘,倒掉上清液;


    ⑥  干后用100%的灑精清洗,干后加適量TE。2、PCR擴增


    模板DNA的濃度大約25ng/μl,擴增反應體系為20μl。具體如下:


    Sterile ddH2O        11μl


    PCR Buffer              3μl


    dNTP-mix                 0.5μl


    Primer1                     1μl


    Primer2                     1μl


    Taq polymerase      0.5ul(2U/μl)


    DNA                            3μl  


    PCR擴增程序為:(2h30min)  


    ①  預變性:94℃,5分鐘;


    ②  變  性:94℃,40秒;


    ③  退  火:55℃  40秒;


    ④  延  伸:72℃,1分鐘;


    ⑤  循  環:從2到4共38個循環;


    ⑥  72℃下最后延伸5分鐘;4℃ 5min,擴增產物置于4℃的冰箱保存。3、擴增產物的電泳分離


    制膠→灌膠→上樣→電泳。


    擴增產物用8%的聚丙烯酰胺變性膠電泳分離,步驟如下:


    ①  準備電極液(1×TBE);


    ②  將梳子撥出,并迅速用電極液沖洗膠面;


    ③  不預電泳;


    ④  點樣,電泳220V;


    ⑤  拆板,并及時將內板、邊條及梳子洗凈。


    4、凝膠染色


    ①  固定:10%醋酸,5分鐘;


    ②  染色:10分鐘;


    ③  漂洗:dH2O,5-10秒;


    ④  顯色:甲醛-NaOH,直到滿意為止;


    ⑤  漂洗:dH2O,2分鐘。


     5、自封帶封膠,讀帶標記,數碼照相攝像,室溫風干。

    收起 
    其他

    1、優點:


    (1)標記數量豐富,具有較多的等位變異,廣泛分布于各條染色體上;


    (2)是共顯性標記,呈孟德爾遺傳;


    (3)技術重復性好,易于操作,結果可靠。


    2、缺點:


    開發此類標記需要預先得知標記兩端的序列信息,而且引物合成費用較高。


  • <table id="4yyaw"><kbd id="4yyaw"></kbd></table>
  • <td id="4yyaw"></td>
  • 调性视频