SWATH為全球科學界提供蛋白質組學研究的突破性技術

SWATH?采集模式為全世界科學界提供蛋白質組學研究的突破性技術

　　在TripleTOF? 5600系統上運行非數據依賴的SWATH?采集模式，能夠進行全面、完整的蛋白質定量，相關成果發表在《分子與細胞蛋白質組學》上。

　　全球生命科學分析技術領導者，AB SCIEX公司與蘇黎世聯邦理工學院合作，已經完成了MS/MS^ALL的SWATH?采集模式的開發，SWATH?采集模式是一項以質譜為基礎的，用于蛋白質組學研究的突破性技術，能夠在單次分析中完成一個樣品所有蛋白質和肽段的定量。此方法發表在今年的《分子與細胞蛋白質組學》（MCP）上。

　　液相色譜串聯質譜（LC/MS/MS）廣泛用于蛋白質組學的研究，但是目前此方法不能提供制作完整定量蛋白質組生物地圖所需的速度、定量準確度、特異性、靈敏度和重復性。SWATH?采集模式首次采用具有非數據依賴（data-independent）的MS/MS采集方法，能夠系統性地生成完全的、高特異性的碎片離子全貌圖，通過使用目標數據分析法可以查詢任何感興趣的蛋白質是否存在，并對其定量。

　　此新方法依賴于先進的四極桿飛行時間雜交質譜儀——AB SCIEX的TripleTOF 5600系統。該系統集高分辨率、高質量精確度和超高MS/MS譜圖采集速率于一身，意味著它是唯一一款能夠有效運行SWATH方法的質譜儀。運行在TripleTOF 5600系統上的SWATH? 采集模式是AB SCIEX MS/MS^ALL技術的延伸，作為AB SCIEX和蘇黎世聯邦理工學院Ruedi Aebersold 博士課題組合作的一部分，該技術將很快面市。

　　“SWATH? 采集模式使我們能夠探索多重MS/MS數據集，所達到的水平是傳統聚類或數據庫方法不可能實現的，”瑞士蘇黎世聯邦理工學院（ETH Zurich）分子系統生物學研究所的Ruedi Aebersold博士說“通過和AB SCIEX一起合作，我們已經開發出運行在TripleTOF? 5600上的突破性方法，能夠幫助蛋白質組學研究者實現對整個蛋白質組的全面定量分析。”

　　該技術能夠針對監控范圍內的所有母離子產生高特異性碎片離子數據。不同于傳統的采集方法，該技術不依賴于檢測到的母離子質量來觸發MS/MS采集，而是通過快速移動的選擇窗口將樣品中的所有組分系統性地全部打成碎片。

　　對得到的結果數據， 采用選擇反應監測或多反應監測（SRM/MRM），對每個感興趣的多肽，都能通過提取幾張高分辨率的碎片離子色譜圖，來鑒定和定量目標肽段。結合MRMAtlas等公共資源中的離子庫或從ProteinPilotTM等數據庫搜索軟件內部產生，研究人員能夠反復審核興趣多肽/蛋白質的定量數據。此技術能夠提供完整的樣品定量和定性結果，并且能夠根據發展的新假設經電腦模擬進行回溯性的挖掘。

　　參考文獻：

　　Targeted data extraction of the MS/MS spectra generated by data independent acquisition: a new concept for consistent and accurate proteome analysis

　　Ludovic C. Gillet, Pedro Navarro, Stephen Tate, Hannes Roest, Nathalie Selevsek, Lukas Reiter, Ron Bonner, and Ruedi Aebersold

　　Mol Cell Proteomics mcp.O111.016717. First Published on January 18, 2012, doi:10.1074/mcp.O111.016717

　　

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