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  • 發布時間:2020-05-11 11:46 原文鏈接: SageScience核酸片段回收系統在RADseq中的應用(一)

    1.什么是RAD-SEQ?

    RADseq(Restriction-site associated DNA sequencing,限制性酶切位點相關的DNA測序)是通過對基因組進行酶切,并針對帶有酶切位點的DNA相關片段進行測序,這項技術能夠低成本的開發大量SNP標記,不受有無參考基因組和染色體倍型的限制。

    2.它的應用在哪方面?

    RADseq技術在動植物的群體進化研究,遺傳圖譜構建和QTL定位,以及全基因組關聯分析上得到了廣泛的應用。其優勢應用是非模式物種的生態與進化研究中的SNP查找與基因分型研究。

    3.RAD-seq的種類?

    1) RestSeq(restriction fragment sequencing):限制性酶I酶切+連接接頭+限制性酶II酶切+片段選擇建庫測序;

    2) ezRAD:一個或多個常見酶酶切+illuminate建庫Kit建庫測序;

    3) SLAF-seq(specific-lo&shy;cus amplified fragment sequencing):酶I酶切+barcode+酶II酶切+接頭建庫測序;

    4) 2bRAD : IIB限制性酶單酶切,IIB型限制性內切酶能在識別位點的上游和下游位點分別切斷,獲得固定長度的片段。構成33–36 bp插入片段建庫測序;

    5) ddRAD(double-digest restriction-site-associated DNA):兩個限制性酶酶切,接頭分別與一種酶配套+切膠進行片段選擇建庫測序;

    6) SBG(sequence-based genotyping):稀有酶和一個或兩個常見酶酶切+PCR選擇性擴增短片段序列建庫測序;

    7) MSG(multiplexed shotgun genotyp&shy;ing):常見酶單酶切+片段選擇建庫測序;

    8) GBS(genotyping by sequencing):常見酶單酶切+PCR選擇性擴增短片段序列建庫測序;

    9) RRL(reduced representation library):平性末端酶酶切+片段選擇建庫測序;

    10) original RAD(original restriction-site associat&shy;ed-DNA):限制性酶單酶切+機械打斷建庫測序;

    11) CRoPS(complexity reduction of polymorphic sequences):兩個酶酶切+AFLP產物建庫測序;



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