實驗原理:
Southern印跡是將DNA片斷從電泳凝膠上直接轉移至膜支持物（如硝酸纖維素膜、尼龍膜）上，使DNA片斷固定的技術。先將DNA經限制性內切酶消化成一系列片段，進行瓊脂糖凝膠電泳，各片段因分子量不同而彼此分開，然后經堿處理凝膠，使DNA的片段被變性、中和并通過毛細作用在高鹽緩沖液中在原位將單鏈核酸轉印到硝酸纖維膜上，烘干、固定。
試劑和器材
一、試劑
變性液：1.5mol/L NaCl，0.5mol/L NaOH。
中和液：0.5mol/L Tris-HCl (pH=7.0)，1.5mol/L NaCl。
20×SSC：3mol/L NaCl，0.3mol/L 檸檬酸鈉。
以上溶液均在100Kpa滅菌20分鐘。
2×SSC：用無菌移液管吸取20×SSC溶液5mL，加無菌水45mL。
6×SSC：用無菌移液管吸取20×SSC溶液15mL，加無菌水75mL。
二、器材
22cm×15cm瓷盤
操作方法
1. 在瓊脂糖凝膠上電泳分離DNA。取出凝膠，切去邊緣多于部分，EB染色，在紫外燈下照相（放一標尺，可從像片中讀出DNA遷移的距離）。
2. 將凝膠置于200mL變性液中，浸泡45分鐘，并溫和地不斷振蕩，使凝膠上的ds-DNA轉變為ss-DNA，然后用重蒸水沖洗凝膠幾次。
3. 用中和液浸泡凝膠并不斷地振蕩45分鐘，將凝膠中和至中性。防止凝膠的堿性破壞硝酸纖維膜。
4. 取一個瓷盤，在底部放一塊玻璃板（或一塊海綿）使盛器內的20倍SSC轉移濾液低于玻板表面，在玻板表面蓋一張3mm的二號濾紙，濾紙兩邊浸沒于20倍SSC溶液中，在玻璃和濾紙之間，趕掉所有的氣泡。
5. 把凝膠底面朝上放在濾紙上，趕走兩層之間出現的氣泡。
6. 裁剪一張硝酸纖維膜，其長與寬大于凝膠1—2mm，并在角上作記號，以確定濾膜方位。先把它放在去離子水中潤濕后，再放在20倍SSC溶液中潤濕5分鐘，然后放在凝膠表面，兩層之間不可有氣泡。
7. 然后再把兩張與濾膜一樣大小的二號濾紙，在2倍SSC溶液中浸濕，覆蓋在硝酸纖維膜上，同樣要把氣泡趕走。
8. 把一疊吸水紙（或衛生紙，約有5—8cm高，略小于濾紙），放置在濾紙上，在吸水紙上再放一塊玻璃板和重約500g的重物，放置過夜。
9.轉移結束后，移去上面的吸水紙和濾紙，同時翻轉取出凝膠與硝酸纖維膜，把凝膠的點樣與硝酸纖維膜的相對應位置用鉛筆或解剖針的針尖做好標記。
11. 把已轉移了DNA的硝酸纖維膜放在6倍SSC溶液中振蕩浸泡5分鐘，然后放在濾紙上吸干溶液。再把它夾在兩層濾紙之間，80℃真空干燥2小時。
注意事項
（1）將凝膠中和至中性時，要測pH, 防止凝膠的堿性破壞硝酸纖維膜。
(2) 要注意趕走凝膠和濾紙及硝酸纖維素膜之間的氣泡。