在膜上陽性反應呈帶狀。實驗中應注意以下問題：轉膜必需充分，要保證DNA已轉到膜上。雜交條件及漂洗是保證陽性結果和背景反差對比好的關鍵。洗膜不充分會導致背景太深，洗膜過度又可能導致假陰性。若用到有毒物質，必需注意環保及安全。
（1）出現斑點
解決方法：①加熱至合適的溫度；離心或過濾除去顆粒。②不要把探針直接加到膜上。③戴無粉末的手套。④用均勻的溶液和底物覆蓋膜。
（2）高背景
解決方法：①降低探針的濃度。②延長封閉時間。③提高洗膜溫度，增加表面活性劑，降低鹽濃度。④用高質量的濾紙接觸膜。
（3）無信號
解決方法：①延長曝光時間。②通過EB染色確定轉膜效果。③點試驗檢測探針活性。④增加探針濃度。⑤增加目標基因濃度。⑥轉膜前充分變性。⑦固定之前，將膜浸入1×TE或水中。⑧洗膜時，增加鹽濃度，降低表面活性劑濃度或溫度。
（4）非特異帶
解決方法：①降低探針濃度。②降低SSC濃度。③檢查溫度。④減少目標基因濃度。⑤用1×TE或0.1% SDS充分洗膜。