Southern轉膜方法（毛細管虹吸印跡法、電轉移法與真空轉移法）
將凝膠中的DNA進行堿變性并將pH值恢復至中性后，即可將凝膠中的DNA片段轉移到固相支持物上。用于轉膜的固相支持物有多種，包括硝酸纖維素濾膜(NCM)、尼龍膜、化學活性膜和濾紙等，
Southern轉膜時可根據需要選擇不同的固相支持物用于雜交。常用的Southern轉膜方法有以下3種。
1．毛細管虹吸印跡法
此法是利用濃鹽酸轉移緩沖液的推動作用，將凝膠中的DNA轉移到固相支持物上，轉移方式見圖。其原理是：容器中的轉移緩沖液含有高濃度的NaCl和檸檬酸鈉，上層吸水紙的虹吸作用使緩沖液通過濾紙橋、濾紙、凝膠、硝酸纖維素濾膜向上運動，同時帶動凝膠中的DNA片段垂直向上運動，凝膠中的DNA片段移出凝膠而滯留在膜上。利用毛細管虹吸作用的轉移法轉移效率不高，尤其對分子量較大的DNA片段更是如此，但由于其器具簡單，不需要特殊裝置，因此一直被廣泛用于Southern印跡的轉膜。
2．電轉移法
通過電泳作用將凝膠中的DNA轉移到濾膜上。其基本原理是將尼龍膜與凝膠貼在一起，并將疑膠與尼龍膜一起置于濾紙之間，固定于凝膠支持夾，將支持夾置于盛有轉移電泳緩沖液的轉移電泳槽中，凝膠平面與電場方向垂直，附有濾膜的一面朝向正極。在電場的作用下，凝膠中的DNA片段沿與凝膠平面垂直的方向泳動，從凝膠中移出，滯留在濾膜上，形成印跡。電轉移法尤其適用于毛細管虹吸法轉移不理想的大片段DNA。但應用這種方法需注意不要選用硝酸纖維素濾膜作為固相支持物；應用循環冷卻水裝置以保證轉移緩沖液的歐姆熱效應；此外，轉移緩沖液不能用高鹽緩沖液，以免產生強電流破壞DNA。
3．真空轉移法
在真空條件下，DNA和RNA可從凝膠中快速并定量地轉移。目前有商品供應的真空轉移裝置有數種。在這些裝置中，硝酸纖維素濾膜或尼龍膜置于真空室上方的多孔屏上，DNA從凝膠中洗膜，并使核酸聚積在濾膜或尼龍膜上。真空轉移較之毛細管轉移更為有效，而且極為快捷。經堿處理后不完全脫嘌呤和變性的
DNA30min內即可從具有正常厚度(4—5mm)和正常瓊脂糖濃度(<1％)的凝膠中定量地轉移。仔細操作，真空轉移可以使Southern轉移獲得的雜交信號增強l～2倍。