陰性選擇是經過陽性選擇的SP細胞在皮質髓質交界處及髓質區,與胸腺樹突狀細胞、巨噬細胞等表面的自身抗原-MHCⅠ類分子復合物或自身抗原肽-MHCⅡ類分子復合物相互作用。高親和力結合的SP細胞發生凋亡,少部分分化為調節性T細胞;
而不能結合的SP細胞存活成為成熟T細胞并進入外周免疫器官。