Tm值的影響因素如下：
（1）G—C的含量：在一定條件下Tm高低由DNA分子中的G-C含量所決定。G-C含量高時，Tm值比較高，反之則低。這是因為G-C之間的氫鍵較A-T多，解鏈時需要較多的能量之故。
Tm值和G-C的含量可用二一個經驗公式表示：
（G—C）%=（Tm-69.3）×2.44
在一定條件下（pH7.0，0.165MNaCl中）Tm值與（GC）%含量呈正比關系。因此，通過測定Tm值，可以推算出DNA分子中的堿基百分組成。
（2）DNA所處的溶液條件：DNA溶液中離子強度低時，Tm較低，而且熔解溫度范圍較寬；離子強度較高時，Tm較高，熔解溫度范圍較窄。因此，在表示某一來源DNA的Tm值時，必須指出其測定條件。