P. 有什么方法可以提高上樣量？
解答：可以濃縮樣品；增大上樣體積來增大上樣量。
Q. 我要檢測的目的蛋白是分子量大概為42kd的膜蛋白，膜蛋白提取可不可以不用到超速離心機，有沒有直接用低溫高速離心機就可以的提到膜蛋白的方法，42kd的蛋白分子量算不算大？
解答：如是需要提取膜蛋白，（而不是只需要提取膜蛋白），可以用Ripa buffer提取膜蛋白和胞漿蛋白，用這個做Western Blot就可以了。如果是非要只提取膜蛋白就要用到超速離心機。42kd 不算大，也不算小，所以，可以按照一般的轉移方法實施。
R. 蛋白的上樣量有沒有什么具體的要求？
解答：上樣量要根據實驗的要求來定， 如果要求是定量和半定量的Western Blot 則上樣量要均等， 如果只是要定性，則沒有太大的關系， 盡量多上就行了， 但是不要超過0.3μg/mm2。
S. 一抗，二抗的比例是否重要？
解答：比較重要，調整好一抗，二抗的比例，可以去掉部分非特異的本底。
3. 抗體
T. 做細胞信號傳導，要做磷酸化某因子Western Blot，其二抗有何要求？
解答：對二抗無要求，要看你實驗條件來選擇，一般推薦用HRP標記的二抗。
U. 同一公司的另外抗體用這個稀釋度做出來效果很好，所以沒做預試，怕費時間，用什么樣的稀釋度比較好呢？我用的ELL+plus試劑盒顯色。轉膜過夜，一抗孵育也是過夜的，若封閉也過夜的話就要四天才看的到結果了。
解答：不同抗體，即使是同一公司的抗體，其最佳的抗體稀釋度也是不一樣的，需要你實驗摸索。我覺得轉膜過夜好像沒有必要吧，轉膜的目的也就是將蛋白轉到膜上就行啦，何必浪費時間呢。至于具體的轉膜時間，還要看你的目的蛋白分子量的大小；轉膜的設備，是半干式，還是濕式。一抗當然可以過夜，如果你想所短Western
Blot時間的話，可以增高一抗的孵育溫度，我們實驗室一般37度，兩小時就足夠了；你可以參照抗體說明書。至于一抗和二抗得稀釋度，你可以一抗1：1500；二抗1：20000試試。另外建議你洗膜時，多洗幾次，最好是在封閉；一抗和二抗后至少是5x5min，跑一張好膜不容易，多盡點心吧，這樣不會浪費你的時間，只會節省你的時間！
V. 免疫組化和Western Blot可以用同一種抗體嗎？
解答：免疫組化時抗體識別的是未經變性處理的抗原決定簇（又稱表位），有些表位是線性的，而有的屬于構象型；線性表位不受蛋白變性的影響，天然蛋白和煮后的蛋白都含有；構象型表位由于受蛋白空間結構限制，煮后變性會消失。如果你所用的抗體識別的是蛋白上連續的幾個氨基酸，也就是線性表位，那么這種抗體可同時用于免疫組化和Western，而如果抗體識別構象形表位，則只能用于免疫組化。一般抗體說明書上都有注明此種抗體識別的氨基酸區間。（限于單抗）
W. Western Blot 中抗體的重復應用問題
解答：抗體工作溶液一般不主張儲存反復使用，但是如抗體比較珍貴，可反復使用2－3次。稀釋后應在2－3天內使用，4度保存，避免反復凍融。
4. 濾紙、膠和膜的問題
X. NC膜\ PVDF膜\ 尼龍膜怎樣鑒別？
解答：尼龍膜是較理想的核酸固相支持物，有多種類型；硝酸纖維素膜是目前應用最廣的一種固相支持物，價格最便宜；PVDF膜介于二者之間。
就結合能力而言：尼龍膜結合DNA和RNA能力可達480－600μg/cm2，可結合短至10bp的核酸片段；硝酸纖維素膜結合DNA和RNA能力可達80－100μg/cm2，對于200bp的核酸片段結合能力不強；PVDF膜結合DNA和RNA能力可達125－300μg/cm2。
就溫度適應性而言：尼龍膜經烘烤或紫外線照射后，核酸中的部分嘧啶堿基可與膜上的正電荷結合；硝酸纖維素膜依靠疏水性相互作用結合DNA，結合不牢固；PVDF膜結合牢固，耐高溫，特別適合于蛋白印跡。
就韌性而言：尼龍膜較強；硝酸纖維素膜較脆，易破碎；PVDF膜較強。
就重復性而言：尼龍膜可反復用于分子雜交，雜交后，探針分子可經堿變性被洗脫下來；硝酸纖維素膜不能重復使用；PVDF膜可以重復使用。
Y. 在做Western Blot時，PBDF膜用甲醇浸泡的目的？
解答：PVDF膜用甲醇泡的目的是為了活化PVDF膜上面的正電基團，使它更容易跟帶負電的蛋白質結合，做小分子的蛋白轉移時多加甲醇也是這個目的。
Z. 檢測磷酸化的JNK 和非磷酸化的JNK可以在同一張膜上嗎？
解答：可以。
AA. 轉膜后經麗春紅染色的條帶，為什么大蛋白分子的一端（即點樣空的一側）的轉膜好象不是很好，為什么？
解答：這是正常的，大分子的蛋白轉移的慢， 你延長轉移時間和電流，大分子一端就會好的多，但是小分子的就有可能會變淡。
BB. 我想問您裂解細胞用三去污裂解法，還是用上樣緩沖液？
解答：用上樣緩沖液，這樣有幾個好處，可以提取總蛋白，同時又可以讓磷酸化酶失活。
CC. 采用tank system有什么講究？
解答：建議低電壓，長時間，（一般tank System 用衡壓好點），如 28V 14－16hrs。
DD. 做HSP WESTEN定量，同樣的抗體免疫組化能做出，而WESTEN卻不能？
解答：這多半是抗體的問題，要看抗體的說明，是否能做Western Blot和IHC。
EE. 膜一般要如何處理？
解答：一般用甲醇泡泡就可以了。
FF. 如果是6×8轉印膜，要加多少一抗？
解答：一抗的稀釋度是有說明的，根據你的一抗看看就知道了，但是那么大的膜孵育體積一般最少為3－5ml。
GG. 上下槽緩沖液有何要求，怎樣才能達到最佳效果。
解答：無要求。