試樣內部產生的X熒光射線，在到達試樣表面前，走位的共存元素會產生吸收（吸收效應）。同事還會產生X熒光射線并對共存元素二次激發（二次激發效應）。因此即使含量一樣，由于共存元素的不同，熒光射線強度也會有所差別，這就是基體效應。在定量分析時，尤其要注意基體效應的影響。
