Y染色體(Y chromosome)是決定生物個體性別的性染色體的一種。男性的一對性染色體是一條x染色體和一條較小的y染色體。
在雄性是異質型的性決定的生物中,雄性所具有的而雌性所沒有的那條性染色體叫Y染色體。由于Y染色體傳男不傳女的特性,因此在Y染色體上留下了基因的族譜,Y-DNA分析現在已應用于家族歷史的研究,家族世系的遺傳與進化和認祖歸宗的基因鑒定。