熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。
細胞中有些物質,如葉綠素等,受紫外線照射后可發熒光;
另有一些物質本身雖不能發熒光,但如果用熒光染料或熒光抗體染色后,經紫外線照射亦可發熒光,熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。