斜面保存法：微生物保存最基本的方法，可廣泛用于細菌、真菌等，保存期限非常短，斜面容易干裂。
液體石蠟保存法：可用于保存霉菌、酵母菌、放線菌及需氧菌，方法簡便，可防止斜面干燥和氧氣進入，但一些固氮菌、分枝桿菌、毛霉、厭氧菌等不適宜用此法。
甘油冷凍保存法：用于一般細菌的保存，需使甘油終濃度為20%左右，然后-20℃或-70℃以下保存。融化時需要水浴溶化。
真空冷凍保存法：具有低溫、干燥、無氧的保存條件，適用于98%以上菌種的保存，但操作復雜，一般實驗室難以使用。
液氮保存法：基本所有微生物均可保存，并且保存時間長，但操作較為復雜而且需要設備，不適用于一般實驗室保存菌種。
沙土保存法
半固體保存法