分子對接計算中如何確定對接口袋？（二）
3、從返回的結果中找到Output files，下載我們需要的pdb文件文件①是輸入的pdb文件（我們輸入了PDB ID，POCASA自動從RCSB PDB庫中下載蛋白文件），文件②是我們需要的輸出結果，包含了若干潛在口袋的位置信息。將兩者下載下來，然后使用PyMOL或其他分子圖形軟件觀察分析。（POCASA的輸出文件，其中XXXX_TopN_pockets.pdb是預測的口袋位置）另外，在Rank order欄目下，POCASA還告訴我們一共生成了多少個Pocket，每個Pocket都有自己的編號，按照體積排序，依次是Rank 1、2、3……通常，體積最大的Pocket最有可能是真正的蛋白口袋，但體積太大也有可能是假口袋。最保險的做法是進行可視化分析。（POCASA計算的口袋體積和口袋可能性排序）4、使用PyMOL可視化分析打開1uwh.pdb和1uwh_TopN_pockets.pdb文件，隱藏冗余結構，以carto......閱讀全文
如何選擇蛋白晶體結構
在使用殷賦云計算平臺的時候，有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。 1. 確定蛋白種屬 在實驗當中，研究人員通常使用動物模型（如小鼠）來研究人源蛋白。這樣做有許
怎么確定小分子與蛋白的活性位點？
1A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系，再選擇合適位點。A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關系是分析哪方面呢?B:拓撲結構相似性，電荷分部的相似性。一類化合物能結合多個口袋的
前沿金融科技與場景需求在京對接
2024中關村論壇系列活動——“向新而行”2024場景賦能新質生產力系列活動“金融科技”領域供需對接會近日在西城區舉辦，為企業找市場、找合作、找資金、找場景，推動前沿科技賦能金融發展。我國企業數量龐大，融資與貸款需求也巨大。金融機構針對科技企業的貸前盡職調查需要大量的工作投入，不但需要專業的金融領域
我國首次實現月球軌道交會對接
??北京時間12月6日5時42分，嫦娥五號上升器成功與軌道器和返回器組合體交會對接，并于6時12分將樣品容器安全轉移至返回器中。這是我國首次實現月球軌道交會對接。 從上升器進入環月飛行軌道開始，通過遠程導引和近程自主控制，軌道器和返回器組合體逐步靠近上升器，以抱爪的方式捕獲上升器，完成交會對接。
吉林：化工新材料項目“產學研金”對接
12月15日，吉林省化工新材料主題項目對接會在吉林省科技大市場舉行。吉林省政府此前拿出19.2億元的產業發展基金，與國內知名基金公司合作，基金規模可達到150億元左右。對接成功的企業，既可以尋求銀行貸款，亦可找基金公司進行股權投入、風險投資。 對接會上有53個可轉化的科技成果，主要是高性能高
沈陽分院與鞍鋼集團開展技術對接
8月1日，在遼寧省科技廳組織下，中國科學院沈陽分院、金屬研究所、沈陽自動化研究所等單位院士、專家團隊赴鞍鋼集團公司開展定向科技成果發布和專題對接。中國工程院院士柯偉、沈陽分院副院長馬越紅、金屬所副所長譚若兵等14位沈陽分院系統院士、專家參加了對接活動。來自鞍鋼集團公司、鞍山鋼鐵公司、鞍鋼礦業公司
創新券京津冀對接會召開
為落實全國科技創新大會精神，推動京津冀協同創新發展，9月19日，由北京市科委牽頭的創新券京津冀對接會召開。 此次會議討論了建立共同支持互相銜接的創新券合作機制，科技部資源配置與管理司、財政部相關負責人、北京市科委、天津市科委、河北省科技廳相關負責人與工作人員出席，并就構建合作機制、明確重點
怎么確定小分子與蛋白的活性位點
1 A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系，再選擇合適位點。 A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關系是分析哪方面呢? B:拓撲結構相似性，電荷分
青島市全面開展產學研對接專項行動
為貫徹落實新舊動能轉換重大工程總體部署，深化產學研結合，實現科技成果供給與企業需求精準對接，加快科技成果本地轉化，青島市首次組織全要素、廣渠道、多形式的產學研對接專項行動，5月份，召開了新聞發布會和動員部署會，在全市迅速掀起開展產學研對接活動的熱潮。 開展產學研對接是促進高校院所科技成果走出
中青報：高校志愿服務亟需與公益項目對接
“我們學校不缺有公益心的志愿者，但是特別缺乏好的公益項目。”在11月16日舉辦的北京高校志愿服務社團聯誼活動上，來自北京科技大學青年志愿者協會的陳偉杰說。 北京高校志愿服務社團聯誼活動由中國青年報社主辦，中青公益、海巢HOT社區青年匯承辦。北京航空航天大學、北京科技大學、中國傳媒大學、北京
鎮江50家高校院所對接科技合作
近日江蘇鎮江舉辦科技合作對接會，推進與寧鎮揚三地近50家高校院所的科技合作。會上，鎮江市政府與江蘇大學、江蘇科技大學、南京師范大學、南京工業大學、南京郵電大學、揚州大學6家高校簽訂全面合作協議，新一代新能源汽車電控系統關鍵技術開發”等36個科技合作項目集中簽約。 “十二五”期間，鎮江市加快企
中科院產學研合作對接會舉行
日前，由中科院、浙江省科技廳、地方政府共同主辦的產學研合作專場對接會先后分別在湖州、紹興兩地舉行。 中科院與浙江省有著良好的合作傳統，2009年院省簽定新一輪的合作協議，雙方的合作進一步加強和深化，在院省雙方領導的高度重視下，院省合作關系更加緊密，合作成果豐碩喜人。目前，
高端芯片領域技術創新對接會舉行
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519629.shtm高端芯片是人工智能等產業高質量發展的重要硬件基礎，成都高端芯片產業如何加快發展形成新質生產力？圍繞這一問題，3月22日，由成都市科學技術局、成都高新區科創局主辦的高端芯片領域技術創新對
京津冀產業協同發展對接加速
隨著京津冀協同發展戰略的不斷深入，北京、天津、河北三地如何實現產業協同發展更加備受矚目。8月19日，京津冀協同發展國家（玉田）農業園區招商推介會在北京舉行。包括洛娃科技實業集團、北京首農物流有限公司、慶豐包子等10家農業產業化龍頭和中華老字號企業與當地政府簽訂了投資或戰略合作協議，總投資25.6
2020鄭州工博會線下供求對接信息展示墻
2020鄭州工博會線下供求對接信息展示墻 活動背景：隨著中部崛起、一帶一路政策、東部產業轉移等的強勁實施，河南以其較強的工業基礎、較全的產業鏈體系，促使工業領域市場占有比重越來越高，且政府對企業智能化改造力度的加大，使企業對各類工業設備的需求不斷升級，加之外部環境正面領重大變化，全球制造業供應鏈體系
世界最大跨度鐵路轉體連續梁成功對接
8月19日凌晨3：20，由鐵道部第三勘察設計院設計、中鐵十二局集團承建的京石鐵路客運專線滹沱河特大橋分別平行于京廣鐵路兩側的單體主跨128米、轉體重量12000噸預應力混凝土連續梁，通過千斤頂的連續牽引，相向轉過25度和18度之后在京廣鐵路上空成功對接，標志著我國高速鐵路橋梁施工技術取
“神九”有望有人對接“天宮一號”
據中國軍網8月6日消息，執行天宮一號飛行任務的各大系統參試人員和飛行產品此前已集結酒泉發射場，目前各項準備工作進展順利。 據了解，長征二號F運載火箭運抵酒泉衛星發射中心，與“天宮一號”會合。據中國載人航天工程網消息，酒泉衛星發射中心已對載人航天發射場設施設備進行全面檢修檢測和質量評審，完成
青島市全面開展產學研對接專項行動
為貫徹落實新舊動能轉換重大工程總體部署，深化產學研結合，實現科技成果供給與企業需求精準對接，加快科技成果本地轉化，青島市首次組織全要素、廣渠道、多形式的產學研對接專項行動，5月份，召開了新聞發布會和動員部署會，在全市迅速掀起開展產學研對接活動的熱潮。 開展產學研對接是促進高校院所科技成果走出
美載人繞月任務飛船完成與火箭對接
美國航天局代理局長肖恩·達菲24日表示，執行“阿耳忒彌斯2號”載人繞月飛行任務的“獵戶座”飛船已與美國新一代登月火箭“太空發射系統”完成對接，為執行載人任務做好準備。 達菲當天在社交媒體平臺X上發文稱，代號為“誠信號”（Integrity）的“獵戶座”飛船與“太空發射系統”完成對接，標志著“阿
海西研究院項目專場對接會舉辦
為了充分發揮中科院在福建省科技成果轉化的重要窗口作用，為福建省光電產業的健康快速發展提供科技支撐，福建省光電行業協會于7月18日舉辦了中科院海西研究院項目專場對接會。福建省光電行業協會會長鄧電明，海西研究院建設工作組常務副組長、中科院福建物質結構研究所副所長、省光電行業協會常務副會長蘭國政以及福
深圳空氣質量對接國際標準
在空氣質量率先全面達到國家標準的基礎上，廣東省深圳市又把空氣質量目標對準了國際高標準。 深圳市人居委近日在其組織召開的大氣治理專題研討會上提出，至2020年，空氣質量優良天數比例達到98%以上，力爭大氣各項污染物濃度全面達到世界衛生組織空氣質量準則的第二階段過渡目標值（PM2.5濃度達到25
京津冀多項科技成果－互動對接
6月7日，在北京市科委和中國科學院北京分院的支持下，北京科學技術開發交流中心成功主辦“京津冀科技成果轉化高峰論壇”。京津冀三地科技企業、中科院在京科研院所、高校、金融投資機構以及國內外科技成果轉化機構100余家單位、200余人到場參加。 本次論壇開設了“京津冀項目推介、路演和成果對接”以及“農
關于蛋白與分子的結合在微信學術群里的討論結果
Docking相關 A:新手想問一下，docking結果怎么判斷小分子和蛋白產生了結合呀，形成了疏水鍵或氫鍵嗎? B:打分越低越好，一般會設置一個已知的配體用來做參照，或者說用來檢驗參數是否合理。 A:我是選擇了有配體的蛋白，處理了蛋白和分子后進行docking，得到這個結果
化合物活性預測相關知識問答
Docking相關 A:新手想問一下，docking結果怎么判斷小分子和蛋白產生了結合呀，形成了疏水鍵或氫鍵嗎? B:打分越低越好，一般會設置一個已知的配體用來做參照，或者說用來檢驗參數是否合理。 A:我是選擇了有配體的蛋白，處理了蛋白和分子后進行docking，得到這個結果。
分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式
項目說明 采用分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式（圖1）。 圖1.化合物1的化學結構 2.計算方法 從RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下載PARP1的X-ray晶體結構（PDB 編號：4RV
北師大“百進千”VR專場對接會舉行－新一代計算平臺將到來
分析測試百科網訊 2017年5月17日，首都科技條件平臺北京師范大學研發實驗服務基地“百進千”對接會——VR產業政策及產學研合作創新創業專項對接會暨京師信息文化節沙龍在北京師范大學京師大廈舉行。 活動由首都科技條件平臺北京師范大學研發實驗服務基地、中國虛擬現實與可視化產業技術創新戰略聯盟、中國
2010年水博覽會參展企業對接會
為更好的為參展企業服務， 2010中國水博覽會將組織供需雙方對接活動。預報名的專業觀眾，將成為VIP觀眾。VIP觀眾可免費參加所有對接活動，并可獲得到一份精美禮品。 對接會安排： 一、水務投資運營企業與供應商見面會 會議時間：2010年11月18日上午9:50―11:30 會議
首屆糧食科技成果轉化對接推介活動舉行
今天，由國家糧食局與中國科學技術協會聯合主辦，湖北省糧食局和武漢輕工大學承辦的“第十一屆糧食科技活動周——首屆糧食科技成果轉化對接推介活動”在武漢舉行。活動主題是“加快糧食科技成果轉化，促進糧食產業經濟發展”。 據悉，此前，國家糧食局在全國廣泛征集了企業難題和技術需求，可面向糧食企業提供轉化的
京津冀30個優秀科技項目實行對接
9月2日，京津冀科技成果轉化平臺秦皇島成果推介暨服務河北對接會在秦皇島開發區舉行，涉及環保、大數據、醫療、農業、食品等領域的30個優秀科技項目對外發布和推介，將為促進地區產業轉型升級，加快科研成果轉化、推動京津冀協同發展提供有力科技支撐。 30個重點項目包括：高效超級計算機CPU冷卻系統、壓縮
京津冀技術成果交流對接會舉行
“基于吸收式換熱的熱電聯產集中供熱技術”能夠從根本上取締供暖燃煤鍋爐、“低溫空氣源熱泵系統”可以冬季供暖夏季供水”——日前，96項來自京津冀的高新技術匯聚天津，在“2016年京津冀技術成果交流對接會（天津站）”上亮相。 為推動京津冀協同創新共同體建設，促進三地產業技術聯合創新，搭建產學研交流