須與結核性潰瘍，梅毒潰瘍，軟下疳和上皮癌等潰瘍相鑒別，其中潰瘍性結腸炎和肉芽腫性結腸炎并發之肛裂極易鑒別。
1.肛門皮膚擦傷
肛裂早期需與肛門皮膚擦傷相鑒別。
2.腸道炎性疾病
某些腸道炎性疾病可伴有肛門周圍的潰瘍，診斷時應注意與以下疾病鑒別：
（1）肛管結核潰瘍；
（2）克羅恩病肛管潰瘍；
（3）梅毒潰瘍；
（4）潰瘍性結腸炎并發的肛裂。
