動物所建立高通量大視野空間轉錄組學新技術
在生物醫學研究領域，空間轉錄組學技術已成為揭示細胞組成、空間異質性以及細胞間復雜相互作用的關鍵工具，對探討胚胎發育、神經科學及疾病發生機制等至關重要。然而，該技術在實際應用中受限于成本高昂、視野范圍有限和數據處理通量不足等技術瓶頸。這些限制在構建三維及多時空全轉錄組圖譜時尤為突出。9月10日，中國科學院動物研究所趙方慶團隊在《自然-遺傳學》（Nature Genetics）上發表了題為Custom microfluidic chip design enables cost-effective three-dimensional spatiotemporal transcriptomics with a wide field of view的研究論文。該團隊開發出高通量、大視野空間轉錄組學新技術——MAGIC-seq。這一技術通過網格化微流控芯片設計，結合碳二亞胺化學和新型空間編碼技術，提升了檢測通量和捕獲面積，降低了成本和批次效......閱讀全文
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
【技術前沿】空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
科學家構建空間轉錄組測序新方法
中科院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾課題組新近創立了一種技術方法，可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜。相關研究成果日前在線發表于《自然—實驗室指南》。 無論是體內組織還是體外細胞系，不同細胞之間都存在著差異性，即細胞的異質性。細胞的異質性對解釋腫瘤的發生、干細胞或前體細胞的多能性與
空間轉錄組綜合資源存儲庫CROST正式上線！
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心合作開發的空間轉錄組綜合資源存儲庫（CROST）正式上線，該研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”為題在國際學術期刊Nucleic
空間轉錄組技術用于免疫治療的研究與展望
腫瘤免疫治療現狀近年來，免疫療法，這種通過激活患者的免疫系統來殺死癌細胞的策略，已成為對抗癌癥的新希望。目前的免疫療法主要基于癌癥疫苗，細胞因子（例如白介素2），繼細胞轉移（ACT）和免疫檢查點抑制。基于他們的特點，特別針對程序性細胞死亡-1 /程序性細胞死亡配體1（PD-1 / PD-L1）途
學者開發PASSAGE加速大規模空間轉錄組學特征識別
中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院與北京大學生物醫學前沿創新中心/昌平實驗室合作，在國家自然科學基金、國家重點研發計劃等項目的資助下，開發面向大規模異質性空間轉錄組學切片的表征與空間特征解析方法PASSAGE。2月5日，相關成果發表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
發表空間轉錄組與人工智能最新研究成果
近日，電子信息與電氣工程學院自動化系沈紅斌教授、袁野副教授的課題組（模式識別與生物信息學課題組）在《自然-計算科學》（Nature Computational Science）上發表題為《利用圖神經網絡對空間轉錄組數據進行細胞聚類》（Cell clustering for spatial tra
我國發布空間轉錄組綜合資源存儲庫CROST
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/509953.shtm近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心合作開發的空間轉錄組綜合資源存儲庫（CROST）正式上線，該研究成果以“CROST: a comprehen
我國學者在空間轉錄組學測序方面取得進展
圖 空間轉錄組測序技術Decoder-Seq的示意圖 在國家自然科學基金項目（批準號：21927806）等資助下，廈門大學楊朝勇教授團隊在空間轉錄組測序技術與應用上取得進展，相關研究成果以“解碼測序提高空間轉錄組測序的轉錄本捕獲效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechn
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空間轉錄組圖譜
3月22日，國際學術期刊《細胞》子刊《發育細胞》在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾研究組與中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所韓敬東研究組合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細
全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細
中科院學者Nature－Protocols：空間轉錄組測序新技術
在真核細胞中，轉錄組的空間組織已經成為調節RNA轉錄后命運的一種有力手段，但是一般研究采用的是原位雜交或者原位的熒光染色，這項技術操作困難且通量低。近期來自中科院生物化學與細胞生物學研究所細胞生物學國家重點實驗室等處的研究人員作建立了一種可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜的技術方法：G
動物所建立高通量大視野空間轉錄組學新技術
在生物醫學研究領域，空間轉錄組學技術已成為揭示細胞組成、空間異質性以及細胞間復雜相互作用的關鍵工具，對探討胚胎發育、神經科學及疾病發生機制等至關重要。然而，該技術在實際應用中受限于成本高昂、視野范圍有限和數據處理通量不足等技術瓶頸。這些限制在構建三維及多時空全轉錄組圖譜時尤為突出。9月10日，中國科
科學家提出AI“解碼器”助力空間轉錄組研究
近日，記者從深圳華大生命科學研究院了解到，該院聯合基因組多維解析技術全國重點實驗室成功開發出一款名為SpaSEG的AI“解碼器”，可處理多項核心任務，包括識別組織空間結構域、檢測空間高變基因、整合多張組織切片以及解析細胞間的相互作用，為空間轉錄組分析提供了統一框架。相關研究成果發表于《基因組生物學》
利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴大腦皮層的細胞類型
闡明大腦皮層的細胞類型組成對于理解大腦結構和功能至關重要。中國科學院腦智卓越中心利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴皮層的細胞類型。該研究成果于近日發表在《Cell》雜志上，題為：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati