由于氣體冷凝器是煙氣在線監測系統中預處理系統的重要部件，種類比較多，但是無論是電子冷凝器還是壓縮機式冷凝器，企業在選擇時，考慮的重點因素就是冷凝器的使用質量。一般情況下，冷凝器故障的發生原因主要有兩種情況：其一，由于使用時間過長，導致冷凝器發生堵塞，在處理時，可取出冷凝罐，進行仔細的清洗。其二，由于冷凝器的溫度沒有達到事先規定的溫度，從而發生故障，這種情況通常是由于溫控裝置和電源裝置運行錯誤而導致。
通常情況下，CEMS煙氣在線監測系統中的氣體分析儀發生故障主要分為兩種情況：量程和零點的頻繁變動導致線性誤差較大、氣體室受到污染。首先，量程和零點的頻繁變動導致線性誤差較大，主要原因在于煙氣在線監測系統儀表的供應商有很多，不同的供應商在設計氣體分析儀時會具有不同的特點，所以要想準確判斷故障發生的位置和原因比較困難。所以在排查時，要先確定氣體分析儀顯示面板是否提示故障報警，根據報警信息來確定故障發生的位置。